治疗肛瘘首先要明确肛瘘在那些部位，是单纯性或者复杂性肛瘘，才能明确治疗方案。目前常规的方式是手术疗法。目前有中西医结合治疗，药物压缩疗法治肛瘘不开刀，是一种较好的方式。
这通常必须手术治疗。效果会更好。可以用热毛巾敷在腹部，顺时针方向按摩。可以选择三级以上的医院做手术。术后注意护理。每天用清水清洗肛门，用温水洗澡，注意饮食，多喝水，多吃易消化的食物，少吃刺激性食物，不要吃冷、硬、辣的食物。
肛瘘是常见的肛门疾病。是肛管、直肠周围脓肿溃破切开后的后遗症。肛瘘大多是非特异性感染，少数是结核性的。其内口位于齿线附近，外口位于肛门周围皮肤上，长年不愈。非手术治疗：包括热水坐浴、通便、理疗，局部有急性炎症可用抗生素。该疗法只适用于反复发作的脓肿初期以及手术前准备，但不能完全治好。手术治疗：挂线或切除。
蒜头是不可以治疗肛瘘的，对肛瘘的病人来说，是不会有什么有利的作用的，只会加重病人的病情的，会导致病人出现大便干燥的症状的，病人是不可以吃一些辛辣的东西的，其中也包括大蒜，还有一些调味品。
病人得了肛瘘，可以采用手术治疗，针对不同类型的肛瘘，应采取不同的手术方式来治疗，也可以用痔疮膏来治疗，病人要注意饮食清淡，少食刺激性食物，多喝水，多吃香蕉润肠通便。
