甲状腺功能减退症需要服用甲状腺制剂终身替代治疗，早期轻型病例以口服甲状腺片或左甲状腺素为主。检测甲状腺功能，维持TSH在正常值范围。中、晚期重型病例除口服甲状腺片或左旋甲状腺素外，需对症治疗如给氧、输液、控制感染、控制心力衰竭等，不要盲目使用中药。
甲状腺功能减退最重要的药物就是左甲状腺素钠。
甲状腺功能减退是由甲状腺手术、甲状腺自身免疫炎症等多种原因导致甲状腺损伤。也有人认为碘-131治疗甲状腺功能低下可能会引起甲状腺功能低下。由于甲状腺合成、分泌不足，如此通过临床症状和相应的甲状腺功能检查，有助于甲减的诊断。诊断后，治疗主要使用左细胞因子钠。左细胞因子钠结构与甲状腺制品完全相同，且血药浓度非常稳定。医生结合甲状腺激素水平测定，有助于调节左甲状腺激素钠的剂量，安全有效，避免摄入不足。甲减患者需要长期服药，不能随意减少用药或停药。
甲状腺功能减退者需长期服药。甲状腺功能减退的病因包括甲状腺先天发育不良、甲状腺结节或甲亢等其他原因导致具有甲状腺手术史、桥本甲状腺炎等免疫损伤，导致甲状腺功能低下。甲状腺功能减退的一般需进行长期的补充替代治疗。部分存在服用药物将对机体产生损伤的误区，实质服用药物的目的为恢复甲状腺激素至正常水平，如不接受药物治疗，甲状腺激素将无法补足。
孕期甲状腺功能减退症容易对胎儿发育产生影响，需要积极干预。
孕期进行甲减筛查是为了避免母体疾病，以免影响胎儿的正常发育。孕妇在产后半年内需要做甲减检查，以排除自身有没有甲减，但在孕期要进行监测，一旦确诊为甲减，需要服用甲状腺激素进行长期的替代治疗，如果不服药，甲状腺水平不在正常范围内，会对胎儿造成影响，导致胎儿甲减，从而导致发育滞后，从而导致智力下降。
孕期甲状腺功能减退需要积极补充甲状腺激素。
怀孕甲状腺疾病发生时，孕早期需将TSh限制在2.5mIU·L-1以下，但在孕中期和孕晚期，TSh应保持在低于等于13.0mIU·L-1的水平。除此之外还应该有效的防止新生儿患上甲状腺癌等严重并发症，需要对本身甲状腺功能进行控制，并严格把关，然后才能将甲状腺疾病对于孕妇和胎儿的危害减少到最小。
甲状腺功能减退症状能治愈吗其治疗效果要视具体病因而定。
若发生在甲状腺自身其病变，如某些自身免性疾病引起原发性甲减，通常已确诊需终身服药。治疗以药物替代为主，再将甲状腺功能控制在正常范围内，这从长远来看，一种状况并不严重，当然，要是那一过性甲减的话，例如，亚甲炎或桥本氏甲状腺炎等疾病在病程中所呈现出来的增减变化，部分病人能自己康复，有些还可留下终生性甲减。患者则需要根据实际情况选择适当药物进行治疗。
