吃完肠虫清后并没有什么反应，大多数服用肠虫清后几小时会有驱虫效果，也有少数可能在一周左右才会有驱虫效果出现。一少部分服药以后会出现轻度头晕，头痛，恶心，腹泻，乏力，口干等症状，这是药物的不良反应。
两岁以上的儿童晚上服用2片。两岁以上的儿童单纯蛲虫、单纯轻度蛔虫感染，晚上服用1片，顿服。小于两岁的小儿禁用，严重肝肾、心功能不全和活动性溃疡病患者禁用；服用后可有的部分孩子可能会出现恶心、呕吐、腹泻、口干乏力、发热、皮疹、头痛，停药以后可自行消失。治疗蛔虫病史，偶见口吐蛔虫的现象。服用肠虫清时晚上不要吃油腻的食物。
一般情况下，不管是否有肠道寄生虫，正常使用肠虫清，对人体几乎没有什么影响，会有一点点腹痛，大便性状还可能出现一点不正常，应该注意观察，通常两天后都不会有什么毛病。如果发现孩子的肚子里有虫体，一定要及时进行驱虫治疗。最近应加强对小孩子大便中有无蛔虫卵或蛔虫的观察。
此外，小孩吃肠虫清后应该合理饮食，避免进食油腻、辛辣的食物。
一般来说，吃了肠虫清发现怀孕的影响是可能影响胎儿发育。
肠虫清是目前临床上最常见的抗寄生虫药，肠虫清的作用是低毒性，而口服肠虫清对胎儿的生长没有任何的影响。如果孕妇中有寄生虫或虫卵，那么可能会导致胎儿畸形。孕期定期进行排畸检查，可以在妊娠初期服用叶酸片，以防止神经管缺陷畸形。对于这个问题，最保险的办法是先做人工流产，然后停药，检查身体没有寄生虫感染。
肠虫清吃后12小时后见效，肠虫清的杀虫机理是把肚子里的虫子杀死，在肚子里进行分解，虫子会排出体外，但被分解掉，虫子就不会被看到。肠虫清是一种高效低毒的驱虫药，驱虫效果非常明显，主要是减少葡萄糖被寄生虫的吸收量，使寄生虫的糖原减少，阻止ATP的产生，使寄生虫无法在肚子里继续存活和繁殖，肠虫清在临床中主要用于驱蛔虫、鞭虫、圆线虫等。
