需根据发病原因进行针对性的治疗，包括：戒除不良嗜好：忌烟忌酒、忌辛辣刺激，适量运动并保持充足睡眠，避免不良嗜好损伤睾丸功能，导致精子畸形；消除环境因素：远离辐射、污染等居住环境，避免过多接触化工原料；改善疾病因素：积极治疗包括睾丸炎在内的炎症，以及精索静脉曲张。可以服用中药调理，吃补肾益精的中药。
精子质量不好可能会影响怀孕，一般低于60％就会有影响，现在精子活动率低下可能怀孕几率比较小。去医院系统的检查，查找原因再对症用药治疗，要戒烟戒酒，注意休息，加强营养，不要熬夜。
针对治疗：如果男性是因为殖道出现了感染，而导致精子出现畸形，那么此时应该进行抗炎治疗，如果是因为内分泌出现了异常，导致自己出现畸形精子，那么此时应该尽量的调整自身的内分泌功能。如果不想进行长时间的调理治疗，那么可以使用裴尔科密度梯度离心法，对自己的精液中的精子进行分离，通过这种方法，能够分离出活动力在Ⅲ、Ⅳ级并且形态正常的精子。在成功分离后，进行人工授精。
此时需要到当地的正规医院做进一步检查，看看是什么原因引起的精子畸形率高，然后进行相关的治疗就可以了。平时饮食上要多注意，不要吸烟，不要饮酒，不要吃容易刺激性的食物，清淡饮食。
改善精子畸形建议补充蛋白锌、蛋白硒和蛋白质，平时多吃含蛋白锌、蛋白硒和蛋白质高的食物，如牛奶、酸奶等乳类和乳制品；还有豆腐、豆浆等豆制品；和虾皮、海带等水产品。此外，要经常运动、不要久坐。到医院做进一步检查明确引起精子畸形的病因，根据结果在对症治疗。
精子头部畸形率低于30%都算正常的，要是畸形精子百分率超过50%就叫高畸形率精子，这样是会导致不育的。一般引起精子头部畸形的原因有很多，比如一些药物，放射线或者是一些生殖道感染所造成的。不过畸形精子超过了70%，这就是染色体的问题，时候就要检查染色体了。
