小儿凌晨咳嗽具体处理方式要看导致咳嗽的原因。
小儿咳嗽是很常见的，有的咳嗽时间段明显，有不分时间段，一天中任何时间段都可能咳嗽。若小儿凌晨咳嗽是喝水呛入气管导致的，轻拍背部咳嗽会慢慢缓解。若是房间空气过度干燥，给孩子适当喝点温开水咳嗽的症状也会缓解。另外常见的是呼吸道感染，加上夜间是小儿肺排毒时间，此时分泌物就会增加，针对这类咳嗽症状加重要进行适当的抗感染、止咳、化痰等治疗。
凌晨咳嗽有可能是由冷气刺激造成。如果是因为感冒引起的咳嗽，那么早晨起床后就会有冷空气进入气道或者是喉咙引起。最常见的是老慢支，也就是老人的支气管炎。其特征就是半夜咳嗽，因为慢性支气管炎一夜没睡，气道里面就会出现炎症，会分泌出分泌物。这种分泌物在半夜最多，而且还会有很多的唾液，在这种情况下，会引起更大的咳嗽。还有就是是支气管哮喘，咳嗽变异性哮喘的特征就是清晨咳嗽，这是由于清晨迷走神经的张力增加，导致气道收缩，导致咳嗽。
这种是不确定的，咳嗽可能还与肺和支气管炎症等有关系，当然肺癌最主要的表现也是咳嗽，但是与肺炎的咳嗽不一样，肺炎经过治疗之后，一般咳嗽会好转，但是肺癌就不一定，有可能有顽固性的。
宝宝每天凌晨都会咳嗽是因为变异型哮喘导致的。在凌晨3点到5点迷走神经很容易发生兴奋现象，导致支气管平滑肌发生痉挛，从而引发咳嗽的出现，是由于存在气道高反应性所致，也就是气道高反应所致的咳嗽变异性的哮喘。
是由于受凉感冒引起的对冷空气敏感咳嗽，可以配合按摩，能很好的防治咳嗽，不断的捶打宝宝的后背，多喝水、多休息，宝宝很快会好的。如果这些方法不行，就要吃止咳药了。
