通常情况下，肝囊肿最好的治疗方案是手术治疗。具体情况分析如下：
首先要确定囊肿的大小，如果囊肿很小，建议患者尽量在短期内多注意休息，同时注意饮食，定期到医院复查。如果患者的肝脏囊肿已经很大了，可以按照医生的要求进行手术，去除局部的囊肿，加快病情的恢复。如果囊肿有感染、出血等情况，建议在开窗手术后进行导管引流。
面部囊肿，影响美观，需要手术治疗。面部囊肿多是皮脂腺囊肿。皮脂腺囊肿俗称“粉瘤”，主要由于皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多的内容物膨胀所形成的潴留性囊肿。是临床上比较常见的良性病变。可发生于任何年龄。以头皮，颜面部，颈项，胸背部多见。多数没有症状。可以手术切除。
肛周囊肿早期主要表现为局部红肿、疼痛，由于脓肿尚未完全形成，波动感不明显。囊肿初期的治疗方法是进行局部坐浴，促进周围囊肿的吸收，同时使用抗菌消炎类药物治疗。如果囊肿形成，需要及时手术切开引流。
宫颈囊肿药物治疗效果不是太好，如果宫颈囊肿伴有宫颈炎时，可以考虑做微波、中星光、冷冻等物理治疗。宫颈囊肿一般是慢性宫颈炎刺激引起的，宫颈腺体分泌后排出不畅就会引起腺体堵塞形成囊肿，没有症状时不需要治疗。
一般情况下，中医治疗卵巢囊肿的方案有药物治疗、针灸等，具体内容如下：
如果是卵巢囊肿，会出现月经不调、腹痛等症状，并且腹部会变得沉重，就好像是压了一颗石子。在中医上，如果是生理性的卵巢囊肿，可以服用口服避孕药进行鉴别，如果是传染性的卵巢囊肿，可以服用一些中药使其缩小或者消失，可以采用口服的中药进行调理，或者是灌肠，或者是针灸。一些女性卵巢囊肿可以通过服用药物来治疗，但不能完全根治，需要通过服用药物来达到缓解症状，或者是持续生长。
前列腺囊肿是一种比较常见的前列腺疾病，一般在中年男性身上表现比较明显。囊肿可压迫尿道而引起排尿困难，主要表现多有尿流无力、尿不尽，开始逐渐出现排尿有困难、尿频、尿急等现象。对于前列腺囊肿，穿刺治疗比较简单，经肛门指诊，将一根长针头刺入脓腔内，用注射器抽吸直至脓汁完全吸净。有时一次不会完全消灭，需两次或数次才能达到满意效果。
