凌晨咳嗽厉害，首先需要考虑的是咳嗽变异性哮喘引起的，咳嗽变异性哮喘的典型表现就是发作性干咳，常发生在半夜或者凌晨。治疗上主要以吸入性糖皮质激素为首选。
考虑气道有不同程度的炎症反应。气道有炎性物质分泌物的刺激，可能气道还存在有狭窄，也可能与支气管平滑肌的收缩和痉挛有关。另外就是受到了支原体、衣原体的感染。
小儿凌晨四五点咳嗽可能因感冒鼻涕过多，平躺倒流刺激咽后壁引起，也可能是支气管炎或咽炎引起的，可以到医院查血常规、胸部X线以明确诊断，咳嗽是一种反射性的保护动作，当呼吸道内有异物或分泌物时，通过咳嗽咳痰可将其排出。
有可能是有呼吸道感染或是有支气管痉挛的，观察咳嗽时有没有痰，尤其有支气管炎或者是肺炎的可能性比较大，可以通过做相关检查进行确定，是否有发烧等症状。根据病情采取有效的药物治疗。有感染的情况下，需要及时的服抗生素消炎药。
小儿凌晨咳嗽具体处理方式要看导致咳嗽的原因。
小儿咳嗽是很常见的，有的咳嗽时间段明显，有不分时间段，一天中任何时间段都可能咳嗽。若小儿凌晨咳嗽是喝水呛入气管导致的，轻拍背部咳嗽会慢慢缓解。若是房间空气过度干燥，给孩子适当喝点温开水咳嗽的症状也会缓解。另外常见的是呼吸道感染，加上夜间是小儿肺排毒时间，此时分泌物就会增加，针对这类咳嗽症状加重要进行适当的抗感染、止咳、化痰等治疗。
凌晨咳嗽有可能是由冷气刺激造成。如果是因为感冒引起的咳嗽，那么早晨起床后就会有冷空气进入气道或者是喉咙引起。最常见的是老慢支，也就是老人的支气管炎。其特征就是半夜咳嗽，因为慢性支气管炎一夜没睡，气道里面就会出现炎症，会分泌出分泌物。这种分泌物在半夜最多，而且还会有很多的唾液，在这种情况下，会引起更大的咳嗽。还有就是是支气管哮喘，咳嗽变异性哮喘的特征就是清晨咳嗽，这是由于清晨迷走神经的张力增加，导致气道收缩，导致咳嗽。
