新生儿接种乙肝疫苗需要在第一天接种第一针，第二针在30天内打第二针，180天打第三针。
现在普遍认为三次乙肝疫苗能够促进人体的免疫，从而降低乙肝病毒的感染几率，降低母亲的垂直传播的危险。不过，接种了乙型肝炎疫苗并不意味着就能得到保护的抗体，而保护性抗体的生成与自身的免疫力有关，因此需要在一周岁左右做一次血液检测，检测到乙肝两对半，以确定是否得到了保护的抗体，如果乙肝表面抗体为阴性则需要进一步接种。
卡介苗和乙肝疫苗可以一起打。
卡介苗是由减毒牛型结核杆菌悬浮液制成的活菌苗。卡介苗可与乙肝疫苗同时接种，不影响彼此效果，并能改善乙肝表面抗原阳性，但应分别向左，右两侧臂进行接种。接种24小时之内切忌沐浴，注意观察皮肤的表面状况及接种后的进食和排便情况、睡着了等，如果不舒服，要与接种机构取得联系，及时咨询医生。
结果表明，单用HBV抗体为阴性的儿童，不能有效地防止其它儿童的横向传染，只能通过普通接种来达到良好的预防作用。接种乙肝病毒的免疫覆盖率和免疫覆盖率是成正比的，接种范围和比率都会提高。
所以，开展乙肝疫苗免疫是减少乙肝感染的最好方法，同时也是防止乙肝感染的最佳途径。结果表明，要实现团体免疫，需要95%的接种覆盖率，才能实现目标的70.8%，而75%的接种覆盖率只有57.3%，低于75%的接种比例就会降低。
新生儿出生24小时内接种乙肝疫苗，常规的乙肝疫苗注射是016方案。
新生儿在出生24小时之内，要及时的接种第1针乙肝疫苗。如果出生24小时之后这种乙肝疫苗会影响到疫苗的预防效果。一个月和六个月的时候分别再注射后面的两针。若母亲是乙肝感染者，出生婴幼儿是低产儿、低体重儿在出生后更要加强一针，需分别在0、1、2、6个月注射乙肝疫苗。
新生儿在出生后要打的是卡介苗和乙型肝炎，在生后三日就要进行皮下注射。
如有皮肤的病变、发烧等早产儿，可以暂时停止使用卡介苗，因为有可能存在先天免疫障碍的婴儿不能打卡介苗，以免引起身体的全面感染。在出生24小时以内注射乙型肝炎，第二、三次注射分别为1-6个月。如果母亲是乙肝病毒携带者，那么孩子出生后6个小时内要注射100个单位的高质量的乙肝免疫球蛋白，还要打乙肝疫苗。
乙肝疫苗第2针一般在满月后接种，但是如果孩子有异常情况，比如发热，黄疸，流涕，咳嗽，腹泻等症状时，是不能接种疫苗的，因为会使病情加重，对孩子的身体健康造成损害，此时应该延期，积极治疗疾病，直到病情完全恢复时进行接种。
