肛瘘一旦确诊要手术，吃药和打针都没有治疗意义。手术之后伤口完全长好，需要一个半月左右的时间。术后需要每天换药，换到伤口完全长好，要多休息避免运动，饮食清淡。
肛瘘的治疗目标是尽可能减少括约肌损伤，消除肛瘘内口和任何相通的上皮化瘘管。手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。少数可行肛瘘切除后一期缝合或游离植皮。
咳嗽是由于上呼吸道感染，病毒性感冒引起的，会导致咽喉部肿胀，咳嗽咳痰，声门水肿而引起嗓子变声，可以进行雾化稀释痰液，促进痰液排出，口服一些化痰止咳的药物进行治疗。
可以服用抗生素抗感染治疗，然后局部涂抹乳膏，每次排便后用温水清洗肛门，保持肛周的局部清洁，但是如果肛瘘反复发作，瘘口比较多，形成了复杂性肛瘘，使用保守的治疗方法效果不好，要选择手术治疗，主要是手术切开引流。
手术治疗：成人完全性直肠脱垂的手术方法很多，各有优缺点和不同的复发率。手术途径有4种：经腹部、经会阴、经腹会阴和经骶部。前两种途径应用较多。经腹部手术中直肠悬吊固定术治疗直肠脱垂疗效肯定。
