婴儿巨结肠手术后初步的恢复要一周时间，但完全恢复可能要半年以上，术后需要一段时间的禁食水至排气，一定给他吃一些比较清淡的饮食，然后主要是进食流质饮食，尤其的饮食要避免辛辣食物。
先天性巨结肠手术后大便次数增多或失禁或胀气，说明手术创面没有完全恢复正常，肠功能比较紊乱，肠道还有炎症存在，口服消炎药，严重的情况可以进的抗生素治疗，局部热敷或者烤电，尽量多喝流质和热粥，不要吃太硬太干太凉的食物，不要吃的太饱，做到少吃多餐比较好。
巨结肠的宝宝在生后胎便排出延迟，90%以上的宝宝在生后24小时内没有胎粪，出现顽固性的便秘和腹胀，经过肛门指诊感到直肠的痉挛，灌肠后有大量的胎粪和气体排出，腹胀的症状可以得到缓解，以后又反复出现。
巨结肠通常是因为先天性的肠壁内缺乏正常的神经节细胞，或者神经节细胞发育不良，导致该段的肠管肠蠕动减弱，从而使近端的肠管蠕动增强，导致肠壁肥厚扩张，形成宽大的肠管。
巨结肠的典型症状就是肠梗阻，可能会有顽固性便秘，伴有腹胀、呕吐等症状。
患有巨结肠的患儿，需积极清洁灌肠，缓解肠管病变，如果有炎症，需要在控制炎症之后，采取手术治疗。
由于巨结肠远端肠壁无神经节细胞，其蠕动与排便能力下降，导致近端结肠积气、持续扩张、肥大，最终导致巨结肠病变。可以通过服用一些中药来增强结肠的防御能力，改善肠道的功能，促进肠粘膜的再生和修复。要保持局部的清洁和乾燥。尽量不要食用辛辣刺激性的食物，多吃一些容易消化的食物。最好是定期到医院进行检查，在专业医生的指导下进行治疗。
婴儿巨结肠有一些相应的表现，在出生后就会有便秘，腹胀，呕吐的情况经常发生，便秘较严重者甚至会经常的需要灌肠才能排出大便，而且便秘会越来越严重，排出的大便相对于同龄儿要粗且硬。