两种药有不同的适用方向。阿莫西林主要对上呼吸道疾病、支气管炎等全身感染性疾病效果比较好，而头孢克肟主要用于下呼吸道感染效果比较好如肺炎等。一般感冒的初期病程都是鼻塞，流鼻涕，发热，咳嗽等上呼吸道感染症状，所以只能在前期按模型体现出主要的治疗效果。
头孢克肟和阿莫西林，都是抗生素用药，阿莫西林是一种最常用，应用较为广泛的口服半合成青霉素，口服吸收好，容易耐药，头孢克肟是第三代头孢类，具有抗菌谱广、抗菌作用强、耐青霉素酶、过敏反应较阿莫西林少见等优点，可用于一些比较严重的感染。
头孢类的药物和阿莫西林都是抗生素，主要针对细菌感染，不具有直接的可比性。抗生素的应用需要由专科医生指导，所以假如患者有不适症状，建议到当地正规医院就诊，在专科医生指导下进行规范的诊疗，不要私自滥用抗生素。
讨论哪个抗生素效果好，其实就是判断二者的抗菌谱，和耐药程度。因为阿莫西林临床应用的时间比较长，对产生耐药的细菌，要比头孢菌素类抗生素产生耐药的细菌多，所以仍然是头孢菌素类效果更好一些，临床经验也支持。
头孢克肟胶囊和阿莫西林都属于一种消炎药物，阿莫西林属于青霉素类的，头孢克肟片是属于头孢类的药物，他们都是消炎药，但是不是一类药，治疗发烧感冒，头胞克肟效果好点。
阿莫西林是广谱消炎药，对呼吸道感染、胃肠道感染、泌尿系感染、牙龈炎、牙周炎、中耳炎、毛囊炎等炎症均有效，但是，对支原体感染则没有效果。而阿奇霉素也是广谱消炎药，对支原体感染则有显著的效果，但是对胃肠道感染则没有效果，并且胃肠道感染患者吃阿奇霉素还会导致病情加重，因为阿奇霉素本身是红霉素类消炎药，红霉素类消炎药本身就会导致伪膜性肠炎而出现腹泻症状。
