肠菌群失调的治疗方法有以下几种。
1.病因疗法：若为病症所致，必须先确定病因，排除病因，之后才能进行肠内调养。
2.食物疗法：喝果汁、蔬菜汤、米粥、奶酪、香蕉、蜂蜜等食物，可以促进食欲，预防缺水。
3.用药：患者可以口服抗生素、益生菌等药物，一定要在医师的建议下进行调理。其中包括：双歧杆菌，益生元等.
肠菌群失调的症状有胃肠不适和全身症状。
肠道中有着各种各样的细菌，有些是对身体有利的，有些是有害的，这些细菌相互克制，保持着一个均衡的状态，所以身体并没有出现任何的不适。如果是因为使用了抗生素等，导致细菌数量增加或者降低，可能会菌群失调，进而可能会导致腹胀、拉肚子、便秘等胃肠不适症状，也可能会导致脱水和反复的口腔溃疡等全身症状。如果出现肠道菌群紊乱，建议在医生的指导下口服益生菌、二联活菌等可以帮助消化的药物。
得了胃病不可以喝酸奶，以免加重身体症状。
胃病是由胃溃疡，慢性萎缩性胃炎等器质性损害所致，酸奶中所含的酸性成分会促进胃酸的释放，一般会对胃粘膜产生刺激，进而加重胃粘膜的损害。其次，肠胃是一种不喜欢寒冷的动物，如果饮用冰镇的酸奶，会让肠胃的疾病更加严重，很有可能会引起肠胃的胀气和积食，影响到胃口，建议患者及时就医，在医生的指导下进行治疗。
喝酸奶可以为人体补充很多益生菌，这些益生菌对妇科炎症有一定的辅助治疗作用，可以减少炎症的发生。菌群失调说明已经出现了妇科炎症，是抵抗力下降导致的，平时可以多吃一些酸性的东西。
一般情况下，甲状腺炎，临床最多见的是慢性淋巴细胞性甲状腺炎也叫桥本甲状腺炎，主要是一种自身免疫性疾病。甲状腺炎的饮食要求是要求低碘，而酸奶中碘含量并不高，是可以喝的。得了甲状腺炎的病人要控制碘的摄入量，不能吃大量的海带、海鱼、海蜇皮等含碘量高的食物,葱姜蒜、花椒、咖啡、酒精等提神的食物也要少吃。饮食尽量以多维生素，高热量，容易消化的食物为主，要少吃多餐不要吃生冷食物。
