如果是单纯性肛瘘，瘘管较直，手术较为简单，直接将瘘管切开即可，手术时间约5-10分钟。如果瘘管弯曲，内口较多，为复杂性肛瘘，多需沿内口切除肛瘘，沿肛瘘管道寻至内口，手术较为复杂。
肛瘘的主要原因是肛周脓肿，直肠肛门损伤，肛门裂反复感染等因素引起的治疗的时间和严重程度有关一般在一周到半个月左右的不等，术前需要准确定位瘘管的位置和内口的位置，才能为手术的成功提供最有力的保障。
肛瘘手术大概需要一个月的时间能恢复好，具体的要看手术损伤的程度以及恢复过程中是否发生感染。肛瘘手术中的高位复杂性的肛瘘在恢复时间上就比较长，肛瘘手术后首先要保证大便顺畅，不论是干结还是腹泻都会影响恢复，便后注意清洗坐浴，再消毒换药。
根据瘘管和括约肌的关系，一般分为高位肛瘘，低位肛瘘，简单性肛瘘和复杂性肛瘘。一般低位简单性肛瘘，术后愈合时间相对快一些，大约三周左右。高位复杂性肛瘘手术需要采取挂线术，创面比较大，愈合相对缓慢，大约需要30-40天左右。
一般手术的时间在二十分钟以内可以完成，术后的恢复时间快，切口的愈合时间短。高位肛瘘或者复杂性肛瘘，因为瘘管位置偏高，而且瘘管不止一根，走行相对复杂，在术中医生需要仔细探查瘘管，防止因为瘘管或者内口遗漏而导致术后的复发，时间相对长一点，有可能半个小时到一个小时不等。
