手术一般有两种方式，开腹和腹腔镜。传统的开腹手术费用较低，3000元-5000元左右，但是创伤大，需要的恢复时间较长；腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，费用总计约7000元-9000元左右，但是术后容易引起粘连。
手术后2个月内复查。如果你想检查卵巢囊肿，通常在月经干净后通过b超检查。与上一个结果相比，是否有渐进增长。如果典型的卵巢子宫内膜异位症囊肿可以通过病史、妇科检查结合B超诊断，但这不是金标准。其实有些卵巢子宫内膜异位囊肿的诊断比较困难，甚至需要腹腔镜诊断。
卵巢巧克力囊肿采用的是微创(腹腔镜)手术，腹腔镜手术就是在腹部的不同部位做数个直径5～12毫米的小切口，通过这些小切口插入摄像镜头和各种特殊的手术器械，将插入腹腔内的摄像头所拍摄的腹腔内各种脏器的图像传输到电视屏幕上，外科医生通过观察图像，用各种手术器械在体外进行操作来完成手术。
对于巧克力囊肿，治疗方法分为保守治疗和手术治疗，如果没有任何不舒服，可以定期复查。如果伴有疼痛，反复出血，可能就需要手术治疗。注意休息，合理饮食，保持愉快心情，注意外阴清洁卫生干燥，少吃辛辣食物，定期随访观察。
如果卵巢囊肿大于五厘米就容易发生扭转，破裂或者感染，那就需要急症手术治疗，如果现在还不到五厘米，定期做B超复查，平时注意多休息，避免熬夜劳累伤神，要保持良好的心情。
超过5厘米有扭转而导致肌肤症的风险，需要尽早的做手术治疗手术以后做病理检查。对于小于8厘米的巧克力囊肿可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失。而对于较大的则以手术治疗为先，可以先使用药物治疗下。
