目前，肾囊肿还没有好的特殊治疗方法。如果囊肿相对较小，囊肿的大小只能在任何时候通过观察来检查。如果囊肿相对较大，那么就需要手术。这个肾囊肿不经治疗是无法恢复的。平时，应注意饮食，控制囊肿的发展。
肾囊肿是一种良性的。如果体积很小，通常没有明显的不适。建议病人进行肾彩色多普勒超声检查。如果囊肿体积较小，应该进行骨科检查以确定是否是由腰椎间盘突出或腰肌劳损引起的。如果囊肿的体积超过4厘米，可以通过手术切除。开放手术恢复时间约为一个月。
果单纯性肾囊肿直径大于六厘米以上，或产生了压迫症状，可以通过肾囊肿去顶减压术来得到治愈，但是不能保证肾囊肿不再复发。然而如果是遗传性肾囊肿，通常表现为多囊肾合并多囊肝，目前来说没有办法治愈，仅在多囊肾囊肿较大时，可以通过去顶减压手术来得到缓解。
大多是可以的。囊肿简单的说就是一个水泡，这个水泡是在肾里头，可以压迫肾实质，对肾脏的功能造成一定影响。腹腔镜去顶了，就是通过穿刺孔，伸进去器械，把囊肿肾外的囊皮给切掉，把囊液放出来，囊液可以经过周围的组织来吸收。
所有的药物治疗肾囊肿都是没有价值，没有效果的。对于肾囊肿，它是一种肾小管囊性扩张，这部分扩张的肾小管逐步独立就形成囊肿。囊壁有分泌功能，所以囊肿就会逐步增大。囊肿的分泌功能强，囊肿发展的就快。基于这种原因，药物不可能抑制囊壁进一步的分泌功能，所以药物治疗是无效的，所以不能使用。
