新生儿接种乙肝疫苗需要在第一天接种第一针，第二针在30天内打第二针，180天打第三针。
现在普遍认为三次乙肝疫苗能够促进人体的免疫，从而降低乙肝病毒的感染几率，降低母亲的垂直传播的危险。不过，接种了乙型肝炎疫苗并不意味着就能得到保护的抗体，而保护性抗体的生成与自身的免疫力有关，因此需要在一周岁左右做一次血液检测，检测到乙肝两对半，以确定是否得到了保护的抗体，如果乙肝表面抗体为阴性则需要进一步接种。
乙肝疫苗第2针一般在满月后接种，但是如果孩子有异常情况，比如发热，黄疸，流涕，咳嗽，腹泻等症状时，是不能接种疫苗的，因为会使病情加重，对孩子的身体健康造成损害，此时应该延期，积极治疗疾病，直到病情完全恢复时进行接种。
一般情况下，新生儿乙肝第二针哭闹不需要特殊治疗。
个别孩子会出现轻微不良反应，如注射局部疼痛、恶心、腹部不适、腹痛等，孩子年纪幼小，就会通过哭闹表达身体不适，一般来说，这些反应持续2～3天就会消失，不需要特殊处理，如果孩子出现哭闹，可以加强一下安抚，注意观察孩子的病情变化，一般来说可以在短期内逐渐的好转，如果哭闹加重，或者出现一些特殊情况的时候，应该及时到医院就诊处理。
新生儿的乙肝免疫球蛋白最好是在出生的时候就注射。
新生儿对乙肝病毒没有免疫力，需要主动免疫和被动免疫，乙肝免疫球蛋白是被动免疫，而乙肝疫苗是主动免疫。如果母体HBV-DNA、HBsAg、HBeAg均为阳性，则必须同时使用两种药物进行新生儿免疫。新生儿的HBV免疫球蛋白必须在出生后12个小时内立即进行。
新生儿第二针的乙肝疫苗常规是在宝宝满月以后打。乙肝疫苗的注射遵循着0，1，6的时间顺序，就是在出生时打第一针，宝宝1个月的时候打第二针，6个月的时候打第三针，三针完成乙肝疫苗的全程接种。
正常足月出生的新生儿，生后24小时内要接种乙肝疫苗第一针；一个月龄时要接种乙肝疫苗第二针；六个月龄时要接种乙肝疫苗第三针；每次五微克。如果母亲是乙肝病毒携带者，生后六个小时之内要肌内注射高价乙肝免疫球蛋白100-200IU，同时更换部位注射乙肝疫苗10微克。如果母亲乙肝DNA定量阳性，那生后半个月的时候，要重复注射相同剂量的乙肝免疫球蛋白一次。
