甲状腺功能减退的治疗方法是甲状腺激素替代治疗，但在开始治疗前，必须确定这种甲状腺功能减退是否是永久性疾病。亚急性甲状腺炎后甲状腺功能减退一般为短暂减退，无需立即开始治疗。
另外，对于药物性甲状腺功能下降，停药后甲状腺功能逆转，无需立即进行药物替代治疗。对于永久性甲状腺功能减退患者，治疗目标是将血清促甲状腺激素水平维持在正常参考值范围内。治疗药物选择左旋甲状腺素片，治疗起始剂量因人而异。
甲状腺功能低下是由各种原因可导致的肌体的甲状腺分泌过少而产生的各种症状，简单的说可以有原发性和继发性两个部分。除了自身免疫性甲状腺功能低下还会有各种诱因导致的甲状腺功能低下，比如大量碘的摄入。比如常用的胺碘酮导致的甲状腺功能低下，或者垂体瘤、下丘脑肿瘤导致的甲状腺功能低下。对于有明显诱因导致的甲状腺功能低下，要首先去除诱因，服用外源性的甲状腺激素。
是由于先天性甲状腺发育不良或甲状腺激素合成过程中酶的缺陷所造成的。表现如便秘、黄疸消退延迟、少动、少哭、生长发育迟缓，皮肤比较粗糙、干燥，智力低下表现，与之互动时无眼神交流，无主动沟通意识。
婴儿出现甲状腺功能低下的情况一般是由先天性甲状腺功能不全所引起的。
与此同时，如果女性在怀孕期间患有严重甲状腺激素不足的病症的话，也是会诱发所诞下的婴儿甲状腺功能低下症状的，当然也可能是由家族遗传性甲状腺功能低下引起。但是无论是哪个原因引起的，都需要立即对新生婴儿进行诊治。否则，将来甲状腺功能低下会影响婴儿的智力发育，也会影响婴儿骨骼的发育。
治疗主要是补充甲状腺激素，即左甲状腺素钠片，可以通过系统的治疗2-3年之后，可以考虑停药1个月，再来检测甲状腺功能，假如甲状腺功能正常，也可能是暂时性的先天性甲状腺功能减退，也可以停药可以定期监测。
新生儿甲状腺功能低下原因较多，有可能是孕妇患有甲亢，在孕期服用了过量的抗甲状腺药物，引起新生儿甲状腺功能低下；也有可能是胎儿先天性甲状腺不发育或发育不全；或者异位甲状腺。
