原因尚不明确，环境因素和遗传因素相互作用。胎儿的心脏胚胎发育关键时期是在孕第3～8周，若母亲在此期间发生病毒感染，如巨细胞病毒、单纯疱疹病毒、风疹病毒等，导致胎儿患先心病和其他畸形的危险性增加。可能因素：妊娠糖尿病、接触职业因素、生殖系统感染、接触化学物、住新装修居室、服用药物、呼吸道感染、感冒发热、精神刺激、主被动吸烟、接触农药、接触噪声、孕妇饮酒、病毒感染、营养不良。
得小儿先天性心脏病只要及早发现，尽快进行手术治疗，好的可能性非常大，约95％的小儿先天性心脏病，通过手术治疗即可好。室间隔和房间隔病变直径小于5mm的在5岁之前更容易好。
先天性心脏病通常不是遗传性的，不会影响后代。在准备怀孕之前，进行一次全面的检查。通过遗传染色体检查，指标正常，不会对胎儿造成不良影响，做好孕期保健工作。注意休息。
先天性心脏病跟母体的因素、遗传的因素和环境的因素有关。母体的因素主要是母亲在怀孕的早期，尤其是在心脏形成的阶段，受到外界环境的刺激导致出现心脏发育畸形。这些环境的刺激主要包括首先是病毒感染，一般的病毒，比如流行性感冒、普通的病毒感冒、风疹病毒、腮腺炎病毒或者柯萨奇病毒感染，都可以导致心脏发育畸形而出现先天性心脏病。
先天性心脏病分为以下几种类型：第一、左分流型，正常情况下体内循环的压力要比肺循环高，所以正常情况下左分流不会出现青紫，如果是剧烈的哭闹屏气或者是其他病理状态导致肺动脉或右心室的压力超过左心室的压力，可能会出现右向左分流，出现短暂的青紫，常见于室间隔缺损、房间隔缺损、动脉导管未闭等。第二、右向左分流，由于某些原因导致右心室压力升高，使左心室血流由右向左分流，最常见的是洛氏四联症。第三种是肺动脉狭窄，主动脉缩窄，多是左右两侧动静脉之间没有异常通路或分流。
法洛氏四联症、房间隔缺损、肺动脉狭窄等先天性心脏病都会导致心脏供血功能不良，出现头晕、呼吸困难等现象，甚至出现紫绀、蹲踞等，尤其是在哭闹、活动后，这种情况会更为严重。因此，患有先天性心脏病的患者要及时就医，避免对身体的生长发育造成不良的影响。平时要注意休息，避免进行剧烈活动，并避免情绪起伏过大，以免引起不适。