卵巢囊肿根据大小、位置、性质不同，治疗方法不同。一般以手术治疗为主，要看是否恶性，囊肿的部位，体积，大小和生长速度。如畸胎瘤，B超、平片检查可发现牙齿、骨头等特殊结构，肿瘤超过3-4cm需要进行手术处理。其它囊肿、肿瘤并无此典型表现。
不能抽烟，也不能喝酒，肿块无触痛，但如有并发症或恶变，则不仅肿块本身有压痛，甚至出现腹膜剌激现象。还有的明显体征是腹水。同时注意多吃瓜果蔬菜，还需要高蛋白的食物，例如鸡蛋，鱼之类的，每天摄入一点。
一般情况下，卵巢囊肿患者可以通过医学检查、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果是直径在5cm以下的卵巢囊肿，同时检查CA125、CA19-9、CEA、AFP等指标是否在正常范围内，可以在月经结束后进行妇科彩超检查。如果是一个直径超过5cm的卵巢囊肿，同时还要做妇科彩超检查。卵巢囊肿外科治疗通常是对有需要或尚未绝经的妇女，应行腹腔镜下摘除或剖腹切除。如果是绝经期后的妇女，或者是因为有恶性肿瘤的原因，需要进行手术治疗。
卵巢囊肿的消除应该视病情而定，小于五厘米又没有查到明显的肿瘤指证的病人，多为功能性囊肿，可以密切观察，2至3个月检查一次，视病情情况采用药物治疗，中药西药都有比较明显的疗效，肿囊肿直径大于五厘米，则多为卵巢肿瘤，对此应该采用手术治疗，卵巢囊肿的危害相对比较大，因此必须认真对待，积极治疗，可以到正规医院诊治。
卵巢囊肿是妇科病，需要妇科检查及超声检查看卵巢大小来决定是否手术。可以挂妇科、生殖科。如果卵巢囊肿肿块持续存在或增大，或有实质性改变，或伴有肿瘤标志物异常升高等，则卵巢肿瘤的可能性较大，应进一步检查治疗，必要时手术治疗。
