胚胎停止发育主要症状有停经史、下腹痛、阴道流血等。如果通过检查确定是胚胎停止发育，建议及时终止妊娠，胚胎停止发育处理比较困难，因为胚胎组织与子宫壁紧密粘连，刮宫困难，行药物流产。
有的没有症状，先天淘汰的结果，可能DNA出现异常，但是也有的是黄体功能不足。早孕期注意休息，如果出现阴道分泌物异常、早孕反应突然消失、或有腹痛的情况需及时到医院检查。
受精卵着床后基础体温会下降，每个人情况都不一样，典型的症状是小腹有轻微的隐痛或酸痛，或者是有着床出血的情况，出血一般持续三-四天，量少，有些人常有呕吐现象，或经常喜欢吃酸性或甜性的食物，容易犯困，疲倦尿频，乳房胀痛，乳头有触痛感，有类似感冒的症状等。
胚胎停止发育有的有肚子痛和出血的症状，有的没任何症状，(不过仔细一点会觉得胎动会减少)。直到医院去B超才发现。症状上没有什么特殊的，大多数孕妇胎儿停止发育后无明显症状，部分孕妇可能见红，一般无腹痛。
怀孕四十天，也就是刚刚怀孕不久，还没有出现胎芽。还不能确定是否存在胚胎不发育，能够过一，二周再复检一下，如果胚胎持续不发育，那么就是需要终止妊娠的。如在最初的阶段，受精卵就没有发好芽，那么它很可能就会停止健康生长，我们把这种发生在孕早期的胚胎发育异常现象称为胚胎停育。如果明确诊断的话，需及时引产。
一般情况下，胎儿进入子宫后会有一定的出血现象。若有少量的出血，出血少，出血少，可以继续进行，无需治疗。出现大量的阴道出血要及时到正规的医疗机构进行检测。在胎儿进入子宫后，会有腹部疼痛的表现。若腹部疼痛较轻，疼痛持续的时间及疼痛位置不定，即可进行检查。如果疼痛位置已经确定，并且腹部疼痛加重，应及时到医院进行诊断。