不想手术消除腘窝囊肿就必须多注意休息，热敷烫洗，就能够使关节积液得到充分的吸收，囊肿就会逐渐的变小。但如果囊肿逐渐增大，引起了膝关节的活动功能受限，甚至压迫到了血管神经，还是需要进行手术切除的。
一般需要住院3天-5天可以出院，十天后可以拆线。术后早期住院观察治疗，避免继发性细菌感染，给机体带来不适反应现象。注意休息避免劳累，固定患部减少活动，加强营养增加抵抗力，及时给予消炎对症处理，按时复查处理及康复锻炼身体，早期恢复健康。
腘窝囊肿属于良性的包块，如果只是单纯的包块，没有压迫血管神经引起肢体麻木，疼痛或者缺血表现，可以观察。但是如果伴随明显的神经血管压迫，需要考虑手术治疗。腘窝囊肿可以通过彩超，磁共振检查判断囊肿的大小和范围。而且需要和其他的包块比如脂肪瘤，血管瘤等鉴别，术后可以常规的病理检查判断包块性质。腘窝囊肿术后也存在复发的可能性。
腘窝囊肿这个病最有效方法就是行手术切除，只要术中仔细、认真，完全可以把囊肿完全切除（主要是囊肿的基底部，需要切除部分滑膜），术后很少会再次复发。还需要再次手术，再到其他医院或者再另找一位有经验的骨科医生为做手术。虽然因为第一次的手术导致局部组织粘连增加了二次手术的难度，但是只要术中保护好腘动脉，其他操作并非很困难。
可自我愈合，不需手术。腘窝囊肿可分为先天和后天两种，前者多见于儿童，后者可由滑囊本身的疾病如慢性无菌性炎症等引起，部分是并发于慢性膝关节病变而导致的。老年人发病则多与膝关节病变如骨性关节炎、半月板损伤等有关。
平时注意减少腘窝的活动，尽量减少膝关节处的刺激，爬楼梯或者长时间蹲的姿势尽量避免对于小的囊肿，无症状时不需要做任何治疗，但要定期复查，观察囊肿是否继续增大。严重的囊肿可考虑手术。