胃间质瘤良恶性鉴别根据低度恶性，如直径为几毫米的胃间质瘤，通常判断为低度恶性或趋于良性，此类肿瘤往往只需定期检查；还有中度恶性：若肿瘤直径达到2-3cm，则判断为中度恶性，此时需通过手术进行治疗。其次是高度恶性：若肿瘤达到5cm以上，则为高度恶性，需及时进行手术治疗，以防危及生命。
胃肠间质瘤是恶性肿瘤，大部分的胃肠间质瘤恶性程度不是很高，治疗方法主要是手术切除及靶向药物治疗。现在诊断是胃肠间质瘤的情况下需要及时的手术切除及病理化验，如果胃肠间质瘤直径大于5厘米的症状下，术后一般需要口服靶向药物如格列卫，预防肿瘤复发及转移。
胃肠道间质瘤需要手术治疗，要求R0切除，术后还要进行辅助化疗、一系列的治疗，胃肠道间质瘤术后有复发率，常规胃肠道间质瘤的复发率很高，一般在40%-90%，原发病灶比较孤立或者小的病灶，复发率是35%。
胃肠道间质瘤不是癌症，胃肠道间质瘤的来源认为是从基层里面的一种特殊的细胞，可以把胃肠道分成四层，最里面的一层来源实际上就是癌，而胃肠道间质瘤来源实际上是第三层。
不管多大的胃肠间质瘤都需要切除，应为患有胃肠间质瘤很容易发展为恶性肿瘤，越早进行手术治疗，对病号的肿瘤病变部位进行切除，越能够有效的快速控制患者的肿瘤病情。
分期为极低危险度或低危险度的胃肠道间质瘤患者，术后复发或转移的风险较低，一般不需要进行术后的。辅助化疗。部分为中危险度或高危险度的患者，需接受术后的辅助化疗，应口服药物2—3年。坚持术后随访，定期复查。
