主要是具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢上，并且随着卵巢周期性的变化而发生变化，比如在周期性的子宫内膜脱落出血形成临床月经的时候，种植在卵巢上的子宫内膜也会出现周期性的出血现象。
巧克力囊肿通常会出现月经不调、痛经、性交痛和不孕不育等症状，早期的月经一般还是正常的，随着病情的发展逐渐出现月经不正常和痛经的变现。囊肿破裂可有剧烈的刀割样下腹痛，甚至昏厥。其次是性交疼痛。
巧克力囊肿会出现痛经，痛经是巧克力囊肿最主要的症状；出现月经不调的症状；同房时发生疼痛感觉；会导致不孕症的发生；发生腹膜炎症。及时的到医院进行检查，可以把身体的病情降低到最低，危害性降到最低。
巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血，对于巧克力囊肿，是需要考虑手术。手术治疗是较好的治疗方式，药物只是可以抑制，并不能彻底的解决问题。
卵巢内的经血越积多，会形成囊包，外观呈巧克力糊状，是形成卵巢巧克力囊肿的原因。卵巢巧克力囊肿可以在没有诱因情况下自发进行破裂，再经前期性生活，粗暴或剧烈时会导致囊肿破裂。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位症引起的。子宫内膜异位症是指子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位。其发病原因可能是经血逆流。有的子宫内膜异位症，没有任何症状，但大多都会表现为下腹痛和痛经，不孕，性生活不适，月经异常和子宫内膜异位囊肿，子宫内膜异位囊肿就是卵巢巧克力囊肿。
