早晨口臭可能与口腔和胃肠道疾病、鼻咽部的疾病、呼吸道疾病等都有可能有关联。吸烟、饮酒、喝咖啡，以及经常的吃葱、蒜、韭菜等辛辣刺激的食物，或者是嗜好臭豆腐等具有臭味食物的人，也容易引起口臭。此外，晚上如果吃得过饱，吃得过于油腻，或者是辛辣刺激性的调料，也会导致早晨有口臭的问题。
平时没有口臭的人晨起也不会有口臭，若平时就有口臭，那口臭在每天早晨刚醒来时可能是最严重的。因为在睡眠时，口腔活动减少，唾液分泌减弱，细菌大量繁殖，产生大量使人不愉快的气体。
当口腔粘膜形成病态损伤以后，黏膜基础代谢发生紊乱，合成分化功能异常，免疫力下降。产生硫化物这种酸性物质增多。口腔酸碱平衡打破。从而口腔产生异味。主要与口腔疾病有关，如牙龈炎或肠道疾病。平时要注意口腔卫生，戒烟，限制饮酒和清淡饮食，养成良好的生活习惯。
早晨口臭是由于经过夜间一夜的细菌发酵，口腔内的细菌含量会增加的特别多，细菌产物也会特别多，在早起的时候就会有轻微的口臭，只要经过正常的刷牙漱口就可以去除掉。存在牙龈炎、牙周炎或者龋齿的患者，在早晨起床之后口臭就会特别严重。
口臭多数原因是由于口腔疾病所致，有可能是由于牙龈炎，龋齿，牙结石造成的可能比较大，做一个超声波洁牙就会明显好转，还有就是消化不良或者便秘也可引起口臭。平时注意清淡饮食，注意口腔卫生，注意多吃果蔬养成按时排便习惯，就会好转。
早晨起来口臭考虑是胃肠道疾病、鼻咽部疾病有关，吸烟、饮酒、喝咖啡等都会引起咳嗽的现象发生；此外如果晚饭吃得过饱或者是吃了过多的肉、油腻的食物或者是刺激性的调料也会导致口臭的现象发生。