膀胱结石的最佳治疗方法大体上两类，一类为手术取石，一类为非手术碎石，其中手术取石即传统的耻骨上膀胱切开取石术，另一类的非手术碎石则又可分为膀胱镜机械碎石大力钳碎石、液电效应碎石、超声碎石、弹道气压碎石等。
膀胱结石外科治疗的方法包括内腔镜手术、开放性手术和体外碎石术。内腔镜的治疗：经尿道膀胱镜结石的治疗方法是目前治疗膀胱结石主要的方法。方法的优点，它可以直观、直接的碎石；可以同时处理下尿路的梗阻性疾病，比如说尿道狭窄、前列腺增生。目前使用较多的是钬激光碎石术：一个是可以治疗结石；第二个可以治疗引起结石的其他的疾病，如尿道的狭窄、前列腺增生等情况。
肥胖患者术后出现的后遗症有很多，比如大出血，吻合口狭窄，肠梗阻等。
所有的手术都会有合并症，因此，无论是对于外科医师还是病人来说，都会引起很大的重视。出血、吻合口漏等是短期的并发症，还有一些患者会出现创面的炎症和肺部的炎症。目前，由于胃囊切除和胃部的手术，长期的合并症是很少见的。而胃食管逆流是胃囊肿手术中最常见的一种合并症。另外，由于手术中的营养吸收不足，会造成严重的贫血。
如果结石单一，且个头不是特别大，采取经尿道的碎石的方法。根据结石的大小及数目来判断采取何种治疗方法。结石比较大，需要手术治疗。结石很小，可以多喝水，较小的结石可以排出。
膀胱结石手术后要以清淡、低蛋白、低脂肪食物为主，要限制超量营养。应适当多吃粗粮和素食，饮食要多样化，多吃富含营养和维生素的食物，应该多饮水，不喝浓茶、浓咖啡，不憋尿，定时排尿。限制草酸盐摄入。草酸盐会与体内的钙结合形成草酸钙，沉积形成结石。
