肠镜过程中会对肠道黏膜造成刺激，打了麻醉药可能当时没有疼痛，麻药药效过后就会出现疼痛；取了病理检查的，腹痛会比较明显，不需特别处理。注意饮食，暂时以流质半流质食物为主，禁止食用烟酒辛辣食品牛奶乳制品，减轻肠道负担，2-3天症状就会消失。腹痛症状明显，不能耐受，可以在医生指导下服用止痛药物。
做肠镜发现息肉可以直接切除。如果做肠镜发现有息肉的话，要通过手术切除的，因为这种肠道息肉没有特效的药物治疗，只能通过手术切除息肉，或者是切除部分肠段的方法来治疗，但是要注意的是，肠道息肉如果是单个的话，可以切除，如果是多发息肉，或者息肉大的话，应该先密切观察病情进展，进行病理组织活检，明确良恶性后再确定治疗方法。
这需要检查的肠道疾病的具体位置才能决定，只是做直肠内镜检查，进去20-30cm就可以明确诊断，查看直肠内的病变。如果是做结肠病变的检查，需要做全程结肠内镜检查，才能明确诊断具体是什么疾病。
做肠道内镜检查，需要预约以后才能进行检查的。还要在检查的前一天口服清理肠道的药物，让肠道清洁干净，才可以第二天做肠道内镜检查。除非是需要急诊检查肠道内镜的，可以当天进行检查，一般医生会使用肥皂水做肠道的清洗，肠道清洗干净以后，才能做肠道内镜检查。
可能需要检查前一周，进食一些流质饮食，尽量减少使用些肉类，蛋类。建议，检查前可以适当地结合自身的饮食习惯，选择一些，豆浆，牛奶，米粥等，检查时可能需要口服一些导泻类药物，具体可以听取经治医生的建议。