肛门直肠周围脓肿破溃或切开多在肛门外，脓液从外口流出，但原发感染多在肛窦。肛窦则是继发感染的门户，反复感染，形成瘘道。直肠内有一定的压力，将直肠感染物质如粪便、气体，可经常不断地从内口进入瘘道，刺激腔壁，继发感染后由外口排出，也是造成瘘道的原因。
肛门直肠四面脓肿破溃或切开多在肛门外，脓液从外口流出，但原发被传染多在肛窦。肛窦则是继发被传染的门户，反复被传染，产生瘘道。直肠内有一定的压力，将直肠被传染物质如粪便、气体，可经常不断地从内口进入瘘道，刺激腔壁，继发被传染后由外口排出，也是导致瘘道的主因。
肛瘘外口是不会出血的。可有脓性分泌物溢出，偶尔有淡淡血水溢出。外口出血要考虑其他问题，最好到医院肛肠专科检查确诊。外口处长期有粘液、脓液、分泌物流出，刺激外口周围的内膜组织，使得外口受到感染，引发各种炎症，排便时粪便通过肛门处，摩擦外口，损伤外口周围的表层皮肤，就会引起大便出血的情况。
肛瘘是在肛门周围出现一个漏口，而且里面出现有脓的情况，也就是说这段时间疼痛比较严重，而且，内裤上会有出现脓的分泌物，检查一下肛门周围会有出现漏眼的地方，这就是肛瘘的症状，肛瘘多数都是因为痔疮，有肛周脓肿，没有得到及时的治疗，严重引起的。只能通过手术，没有其他的方法。
肛瘘外口反复流出少量脓性、血性、黏液性分泌物为主要症状。较大的高位肛瘘，因瘘管位于括约肌外，不受括约肌控制，常有粪便及气体排出。由于分泌物的刺激，使肛门部潮湿、瘙痒，有时形成湿疹。当外口愈合，瘘管中有脓肿形成时，可感到明显疼痛，同时可伴有发热、寒战、乏力等全身感染症状，脓肿穿破或切开引流后，症状缓解。以上症状的反复发作是瘘管的临床特点。