腘窝囊肿跟过度劳累或局部肌腱肌肉等软组织炎症有关，中医方面用中医辨证论治，对证治疗，如用活血化瘀，健脾利湿，消肿止痛的方药，外用舒筋活血的药物外敷会有所好转。
腘窝囊肿是腘窝深部滑囊肿大形成的有弹性的软组织肿块。可无症状，也可引起腘窝部不适或肿胀感，较大时会影响膝关节伸屈。没有明显的疼痛或功能障碍，可以不治，如果影响了正常活动手术治。
一般术后住院10-14天。如果腘窝囊肿较大，而且腘窝囊肿与胫神经、胫动脉发生粘连，在术中如果出现胫神经副损伤，比如病人出现下肢的皮肤感觉减退、刺痛、肌肉无力，甚至足趾活动明显受限。病人的住院时间会延长。
腘窝囊肿可以选择局部麻醉下穿刺抽液，囊腔内注入激素，促进黏连，或者再次进行手术治疗，仍会有再次出现复发的可能。如果进行了手术治疗，是很容易出现复发的，考虑是囊壁的残留，关节腔持续的分泌润滑液，导致局部的复发。
对于病人出现腘窝囊肿的情况，如果是发生于生长发育期的青少年，多是由于先天性发育导致的，特别是有先天性腘窝内部的腱性滑膜发育异常，就会引起滑膜内部异常的液体分泌增多，导致腘窝囊肿的出现。
平时注意减少腘窝的活动，尽量减少膝关节处的刺激，爬楼梯或者长时间蹲的姿势尽量避免对于小的囊肿，无症状时不需要做任何治疗，但要定期复查，观察囊肿是否继续增大。严重的囊肿可考虑手术。