先天性心脏病手术，需要在病人的胸部中央，使用体外循环设备来代替心脏的血液供应。通常是先把右心房剖开，然后根据病情来进行处理。如果是房间间隔的缺陷，可以采用补块来修复。若有心房隔缺损，可采用补丁修复。而对于复杂的先天性心脏病，比如法洛氏四联症，就必须进行主干和肺血管的修复。此类心脏疾病的外科治疗非常危险，而且操作非常的繁琐。完成后，将心脏缝线、拔出体外循环仪、将肋骨固定、缝线、完成手术。
通常情况下，婴儿先天性心脏病介入手术可以通过以下方法来做：
新生儿先天性心脏病的介入治疗，是指经皮穿刺血管，借助超声心电图等设备，对心脏的相关部位进行血管成形、封堵、扩张。而且创伤小，恢复快，治疗效果好。一种是可以治疗肺动脉狭窄、主动脉狭窄、肺动脉瓣狭窄、肺动脉狭窄等疾病的球囊扩张术；二是经导管封堵术，用于治疗室间缺损、动脉导管未闭等。
到正规的医疗机构做手术，专业医师操作，规范治疗不会容易复发。尤其是手术治疗后要注意继续的服用药物治疗，还要注意加强营养补充调理，要保持有好的心态，定期复查，不易复发。
横膈疝一般都是要进行手术的，据数据显示，在没有手术的情况下，一个月之内，有75%的原因会导致婴儿死亡。但是，产后两日之内做外科治疗，死亡率高达百分之五十到百分之七十五，产后两周做外科治疗，死亡率会大大下降。所以，手术时间的选取非常关键。一般是在分娩两个星期之后再进行一次，因为那样会大大减少孩子的死亡率，所以建议怀孕期间要多做一些彩色超声检查，如果是3D检查，确认之后再作选择。
一种是传统开放式手术，手术时做下腹部斜切口或横切口，另外是腹腔镜手术包括三孔腹腔镜、两孔腹腔镜和单孔腹腔镜，目前主要采用单孔腹腔镜，瘢痕小、创伤小，手术时游离段较长，松解彻底，手术成功率较高。
