通常来说，脑干血栓不能恢复好。
脑干是人体的生命中枢，支配着人体的呼吸，心脏，消化等生理功能，而脑干血栓是比较危重的急性病,脑血栓形成损害了脑干,引起了颅神经的变化,引起中枢循环、呼吸的变化,引起了椎体束变化,也就是影响了肢体的运动功能及感觉障碍，还可能会造成严重的肢体功能障碍，而且通常不能恢复好。
治疗的方法有，发病后4.5小时之内到达医院，确定诊断后可以应用静脉溶栓治疗，给予尿激酶100单位至150单位，静脉溶栓治疗。如果超过4.5小时，在6小时之内可以启动动脉溶栓进行治疗。经股动脉穿刺，将动脉导管放置在脑干血管堵塞处，给予尿激酶溶栓治疗是积极的治疗方法，在溶栓治疗后24小时或者不适合溶栓的病人，应该启动抗血小板治疗。
检查血栓可以到医院神经内科检查颈椎和脑部血管的供血情况，这方面的疾病原因很大，头颅的CT检查以及磁共振等检查，或者进行查血脂、血糖等，避免长期待在潮湿的环境中，根据病因进行对症治疗，注意保暖，避免着凉，平时注意饮食情况，加强饮食应用，适当运动。
血栓带是血管中的异常凝块，与血液粘度过高、血管壁损伤、血小板凝血功能障碍等因素有关，严重的可能需要做血管造影，还有可能出现动脉硬化、血栓性静脉炎等疾病，治疗通使用抗凝剂和溶栓剂，术后多在户外晒太阳，做一些舒缓的体育活动，饮食以清淡为主，少食多餐，不能暴饮暴食，不能过饥过饱，多吃新鲜蔬菜水果。
脑干的血栓多数比较重，轻者可以出现吞咽功能困难，饮水呛咳等。重者可以出现闭锁综合征表现为意识障碍、四肢活动不能、大小便失禁、失语等，生存质量差，至于能活多久和病人并发症有关，如长期卧床很容易出现并发症，比如坠积性肺炎，下肢静脉血栓，压疮等。这些并发症会影响病人的寿命。所以及时处理预防并处理并发症，可以延长病人的寿命。
