巧克力囊肿主要是平时痛经和月经量增多的情况引起的，也是会影响怀孕的，囊肿比较大的，也是需要手术来治疗的。如果打算要孩子可以安排在排卵期同房，可以增加怀孕的几率。
巧克力囊肿不治会导致月经异常，月经稀少或闭经，有些病患表现月经淋漓不断；其次会影响少女形象，会出现多毛、肥胖、座疮等症状；并且还会导致不孕，多囊卵巢往往有持续性无排卵，不能自然怀孕，是女性不孕症的主要原因；最后是女性如果妊娠，妊娠高血压综合征和妊娠糖尿病的风险明显增加。
巧克力卵巢囊肿可采用的腹腔镜微创术治疗卵巢囊肿卵，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
巧克力囊肿的主要原因是因为患有子宫内膜异位症，在卵巢周围的子宫内膜发生出血不断的积聚就慢慢形成了巧克力囊肿。这种囊肿手术治疗后很容易复发。建议在手术治疗的同时使用药物进行人工绝经的治疗。
做了巧克力囊肿手术，不影响怀孕的，首先要放松心情，加强营养，多吃一些豆类食物，补充雌激素，就是加强锻炼，增强体质，备孕期间吃叶酸，预防胎儿神经管畸形的，平时多多注意保养会慢慢好转的。
巧克力囊肿手术后尽量过三个月再开始备孕。手术之后排球的创面需要恢复1到2个月，这一两个月之内是不能够受孕的，但是这一两个月之内内异症病灶容易复发，所以术后要用三个月的药物治疗，这三个月的药物治疗，能够把残留的病灶进一步的沙面，同时能够预防复发，治疗三个月之后，只要恢复月经就可以尽快怀孕。
