治疗慢性肾盂肾炎的方法有：手术治疗，手术治疗肥大的前列腺，使尿路梗阻得以解除，就可以有效的治疗慢性肾盂肾炎。紫外线疗法，对于反复发作的慢性肾盂肾炎无肾功能不全的病人，采用肾区紫外线照射，有一定的治疗作用。
患有急性肾盂肾炎的治疗方法是：抗生素治疗，应选用血中浓度高的抗菌药，若能同时使用尿中浓度高的抗菌药以保持尿中无菌，即能更好的控制急性肾盂肾炎的发展。祛除易惑因素，积极寻找并治疗诱发肾盂肾炎的因素，如解决尿路梗阻，治疗慢性病，纠正代谢紊乱等。
肾炎如果说是急性肾小球肾炎，因为急性肾小球肾炎主要是由感染所引起的，这时候主要应该是控制感染，控制感染以后，包括细菌的感染或病毒的感染，再给予相应的其药物的治疗。如果肿得特别厉害，病人一定要控制盐的摄入量，不能吃太咸的东西。
就目前而言，针对乙肝肾炎还没有特效的治疗方法，免疫制剂虽然对多种类型的肾小球肾炎有作用，但可能延缓宿主清除乙肝病毒的能力，因此多数人不主张激素治疗。
干扰素具有抗病毒的功效。对于肾脏的炎症，可以选择护肾的药物。其实乙肝的治疗很重要，如果能够将乙肝病毒控制在检测不到的程度，消除了病因，肾功能也会慢慢恢复，如果需要的话，可以选择免疫抑制剂或糖皮质激素来进行治疗。
腰痛可用艾灸缓解，中医方面的艾灸能调身理气，补肾壮阳，提升机体免疫力，对缓解腰疼有很好的疗效。患者还可以服用冬虫夏草，冬虫夏草主治阳痿遗精，腰膝酸痛，有一定的补肾作用，且无肾毒性，是肾炎患者的补品。
