如果肛瘘患者不行手术治疗，瘘管内反复会出现急性感染，严重的会再次形成肛周脓肿，然后脓腔有可能会向周围组织再次出现破溃，从而将单纯性肛瘘变成复杂性肛瘘，增加手术治疗难度。还有由于肛瘘外口时常会有反复流脓肿痛，局部炎症的刺激有可能会导致局部的变性，甚至产生恶性肿瘤的可能。
肛瘘最大的不良恶果是癌变，一般病程越长越易恶变，为此，肛瘘病人应抓紧治疗，不要拖延病情。目前保守疗法，如口服中药、抗生素、外洗、外熏等，只能起到控制感染、促进炎症消退的作用，却不能治好肛瘘或使瘘管闭合，只有采用仪器手术疗法，才能彻底治疗肛瘘。
患有肛瘘，药物治疗的效果不是很好，尽量还是手术治疗，可以选择三级以上医院进行手术治疗，术后护理很快就会恢复，通常多喝水，多吃蔬菜水果。少吃辛辣食物，尽量保持大便通畅，防止便秘，不抽烟不喝酒，不熬夜，工作和休息规则。
得了肛瘘，必须进行手术治疗，由于是肛门的解剖结构发生改变，口服或外用药物治疗，不能够改变解剖结构，所以必须得手术切除瘘管，开放伤口，让手术的伤口自己慢慢的长好。有复杂肛瘘，或者是经过肛门括约肌的肛瘘，还需要做挂线手术。术后需要用无菌纱布填塞，起到压迫止血的效果。术后需要坚持换药治疗，根据创面的大小换药的时间不一定，一般选择肛门洗剂、膏纱条等药物进行换药处理，术后还需要药物进行消炎治疗。
不可以的，肛瘘是一个通过手术才能的治疗的疾病，其他办法也有，可以口服消炎药，中药外洗，但都不能治疗这种疾病，只能在一定程度上缓解肛瘘的症状。所以，如果想彻底治疗肛瘘，只能通过手术治疗。
