对于慢性萎缩性胃窦炎，应选用胃粘膜保护剂和促进胃肠蠕动的药物。
出现幽门螺旋杆菌等急性病原菌感染时，可以考虑使用抗生素。可以通过呼气试验来确定。可以选择碳酸氢钠、西沙必利、铝碳酸镁片等药物。阿莫西林、庆大霉素、复方黄连素是最常见的抗生素。日常生活中要注意饮食要有规律，不要过于紧张，不要吃辛辣刺激的食物和药品，还要戒烟。
一般情况下，慢性胃窦炎伴胆汁反流可以采用以下方式进行治疗：
慢性胃窦炎伴胆汁反流是一种常见的疾病，其病因与体质、受凉、感染、进食不当等因素有关，主要是由于胃窦发生了炎症反应和胆汁反流，主要表现为食欲不振、烧心、反酸、恶心、呕吐等症状，建议患者到医院做一下胃镜检查，如果诊断正确，可以在医师的建议下口服阿莫西林克拉维酸钾、雷贝拉唑钠肠溶片、铝碳酸镁咀嚼片等药物进行治疗。
慢性隆起糜烂性胃窦炎一般可以进行药物治疗。
慢性隆起糜烂性胃窦炎是一种很普遍的疾病，其病因主要是体质、受凉、感染、饮食不当等因素造成的，胃酸分泌过多导致的胃粘膜受损会出现胃胀痛、恶心、呕吐等症状，如果长期出现的是慢性隆起糜烂性胃窦炎，需要到医院做胃镜，明确诊断后口服硫糖铝胶囊、雷贝拉唑钠肠溶片、硫糖铝胶囊、雷贝拉唑钠肠溶片等。
慢性萎缩性胃窦炎伴肠化及小凹上皮增生可以服用中药进行调理。这种病属于胃癌的癌前病变之一，长期进一步发展有可能进展成为胃癌。一般和个人的体质，饮食习惯以及家族因素等都有一定的关系，还应注意调整个人的饮食习惯，避免过于油腻以及辛辣刺激性食物，以清淡易消化的饮食为主。
做胃镜诊出慢性红斑渗出性胃窦炎是大病，这个病很难完全治好，只有慢慢的调理，平时饮食应注意营养摄入均衡，吃饭一定要定时定量，不能过饥过饱，生冷一定要细嚼慢咽。
胃窦炎主要是因为感染了幽门螺杆菌而导致的，可以在医生的指导下口服四联药物，比如阿莫西林、克拉霉素、奥美拉唑、枸橼酸铋钾颗粒等。急性支气官炎是由胃炎食管反流综合征所致，可以在医生的指导下服用喹诺酮类、大环类酯类等药物进行抗炎处理。同时在医生的指导下口服盐酸氨溴索进行止咳化痰。
此外，在进行药物治疗的时候要做到饮食方面要做到清淡，不要食用辛辣和刺激性的食品。
