手术一般有两种方式，开腹和腹腔镜。传统的开腹手术费用较低，3000元-5000元左右，但是创伤大，需要的恢复时间较长；腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，费用总计约7000元-9000元左右，但是术后容易引起粘连。
巧克力囊肿的治疗，如果有生育要求，建议进行手术治疗，采用手术治疗是比较好的治疗方法，尤其对于囊肿较大的。也可以辅助保守治疗，保守治疗一般是指使用药物进行治疗，要及时医院进行治疗。
手术后2个月内复查。如果你想检查卵巢囊肿，通常在月经干净后通过b超检查。与上一个结果相比，是否有渐进增长。如果典型的卵巢子宫内膜异位症囊肿可以通过病史、妇科检查结合B超诊断，但这不是金标准。其实有些卵巢子宫内膜异位囊肿的诊断比较困难，甚至需要腹腔镜诊断。
巧克力囊肿是可以治疗的，但是也会复发；在女性来月经时未流净残留物，积血淤堵，时间长久堆积就会形成的巧克力囊肿，一般都是良性病变。治疗方法可以进行手术治疗，注意手术后复查。养成良好的生活习惯，戒烟戒酒，注意妇科卫生，勤换内裤，穿棉质的内裤。
巧克力囊肿子宫内膜异位症的一种，是外源性子宫内膜异位症的一种，这种病在西医上北称为：“不死的癌症”是一种经久反复的疾病。这种病中医保守治疗。中医保守治疗只要对症就能见效，中医保守治疗后复发率低。对于有生育要求的，建议中医保守治疗。
巧克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。病人宫外孕时引起的输卵管破裂大出血，可危及生命。去专业正规的医院进行检查和治疗。一般饮食应以清淡食物为主，多食有营养的食物，如鸡蛋、豆腐、瘦肉等。忌食生、冷和刺激性的食物。
