腰两侧肌肉痛的原因有：
1、长期弯腰、拾物、久坐、久站、久躺等不良生活、工作姿势，会造成腰部肌肉的慢性劳损，同时也会造成腰背部肌肉的疲劳和高强度的运动引起的疼痛。
2、腰椎间盘突出会对腰肌的神经造成压力，从而引起腰侧的肌肉疼痛。
3、女性可能会有合并怀孕的可能，怀孕期间由于胎儿生长、子宫宫腔扩大，导致腰部肌肉疼痛，女性月经期间会出现腰肌酸痛。
4、输尿管结石、肾结石等泌尿系统疾病都会导致腰两侧肌肉疼痛。
5、全身感染性疾病，如肺结核、布氏杆菌病等，可引起全身高烧，并可造成腰肌酸痛。
6、夜间睡觉时，如果不注意保暖，腰会因为着凉而抽筋，早上起来的时候会出现腰侧的肌肉酸痛。
腰部肌肉疼痛具体的治疗方案取决于病因及程度。具体治疗方案建议患者尽快到当地公立三甲医院脊柱外科门诊进行医生查体检查，然后进行针对性检查，如核磁共振检查或CT检查，明确诊断及当前病情程度，才能确定下一步有针对性的治疗方案，比如局部中医物理治疗辅助用药，以及后期康复期功能锻炼等。
外伤所致腰部肌肉韧带急性损伤，早期是平躺在硬板床上卧床休养3~6个周，具体时机视当时受损情况而定.还可协助非甾体消炎止痛药来减轻症状，2周左右可协助物理治疗，6周后症状好转，主要开始进行腰背肌功能锻炼。如果腰间盘突出症导致或长时间慢性疲劳过多受伤等，导致局部肌肉韧带慢性无菌性炎症所致疼痛在急性期，还建议患者平躺在硬板床上约2~3周进行局部物理治疗。
腰两侧肌肉疼的原因可能不同，但绝大部分是由某一部分的创伤而引起的。比如腰疼而引起腰椎间盘突出，腰椎间盘突出压迫神经从而导致不适。腰两侧肌肉疼另外可能是受风受寒或劳损导致。
腰侧肌肉酸痛主要是由于剧烈运动、腰肌劳损、腰椎间盘脱失等。
1.剧烈的锻炼：长期不锻炼，或者是跑步、仰卧起坐等，都会导致肌肉中的脂肪沉积，这种物质不能被及时排出，会导致腰部的肌肉出现酸痛。
2.腰部肌肉劳损：长期久坐、劳力劳动导致腰部肌肉劳累，导致腰部肌肉、筋膜及韧带的长期牵扯，肌肉中的压力增大，导致血液供应不畅，引起炎症、粘连等症状，腰部肌肉会出现疼痛。
3.腰椎间盘脱出：与长期的体力劳动、腰椎间盘退变有关，该病急性发作时，很有可能会引起腰两侧肌肉疼的症状，还伴有下肢麻木。
孕中期屁股两侧肌肉疼可能是孕中期体重增加明显，长时间坐在座位上或休息时，臀部两侧肌肉会受到明显的挤压。走路的时候臀部两侧的肌肉负荷过大，会导致肌肉疼痛。还可能是孕中期由于体内水分过多，臀部肌肉软组织间隙组织液增多，导致臀部两侧肌肉疼痛。分娩后臀部两侧疼痛均得到完全缓解。
如果疼痛明显，可以通过按摩、热敷来缓解。
