精神因素：多由精神紧张引起，如肛门直肠的神经官能症、阴部神经的症候群、坐骨神经痛以及尾骨神经痛反射至肛门而引起肛门疼痛。异物及不良饮食刺激：如外伤、直肠内异物、辛辣食物及酗酒等均可刺激肛门，而引起疼痛。肛门直肠周围感染：即肛门直肠周围脓肿、肛窦炎、肛乳头炎等，这些疾病也可造成肛门疼痛。
肛门疼痛，大便时加重，这考虑有可能是有肛裂的。可以用痔疮膏挤入肛门内进行治疗。同时忌口辛辣刺激性食物，可以吃的蔬菜水果有白菜、生菜、菠菜、豆角、西葫芦、黄瓜，便后注意及时的进行清洗预防感染，可以配合热坐浴进行治疗。
引起肛门疼痛的肛门局部疾病多见于肛裂、血栓性外痔和肛周脓肿等。对于肛裂的疼痛，首先要解决便秘的问题，可以多饮水，多吃含纤维素高的食物，如水果和蔬菜等，必要时应用润肠药物。
慢性腹泻会引起肛门痛，腹泻时肛门痛是很正常的现象，擦拭臀部时动作要轻柔，而且要用比较柔软的纸巾。有比较频繁的腹泻症状需要到医院就诊，在医生指导下查大便常规、轮状病毒、大便隐血试验、血常规、血生化等相关检查，了解是感染性疾病引起的腹泻，还是非感染性疾病引起的腹泻。
内痔出血外痔痛，最常见的就是痔疮。内痔的主要临床表现是出血和脱出。外痔主要临床表现是肛门不适、潮湿不洁，有时有瘙痒。肛裂病人有典型的临床表现，即疼痛、便秘和出血。确定诊断需要做肛门指诊及肛门镜检查。一般治疗，避免久坐，避免辛辣刺激性食物很重要，增加纤维性食物，改变不良的大便习惯，保持大便通畅，防治便秘和腹泻。热水坐浴可改善局部血液循环。
