巧克力囊肿手术之后，建议如果是腹腔镜手术，建议在一个半月之后同房，如果是开腹手术，需要是两个月再有性生活。由于巧克力囊肿具有复发性，所以术后要继续给予用药治疗。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
巧克力囊肿不会自己消失，如果通过检测，发现囊肿破裂，就需要警惕，会不会因为囊肿破裂而引起粘连，导致囊肿周围的健康组织遭受感染。采用手术治疗，保证身体安全，避免更大的感染，导致身体痛苦。
根据个人体质不同，时间自然也不一样。巧克力囊肿术后一般一个月就可以恢复。恢复的时间长短，和手术后的保养也有很大关系，所以术后要多休息，在恢复期间，定期到医院复查看恢复情况。
术后常规休息一个月，满一个月后身体没有不适就可以上班。术后一个月后再考虑做运动。千万不要生闷气，情绪激动，禁止剧烈运动和重体力劳动注意保暖的。保持心情舒畅，做到乐观豁达，及时排解自己的不良情绪。
超过5厘米有扭转而导致肌肤症的风险，需要尽早的做手术治疗手术以后做病理检查。对于小于8厘米的巧克力囊肿可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失。而对于较大的则以手术治疗为先，可以先使用药物治疗下。
