核磁共振检查是脊柱系统疾病的一种非常常见的辅助检查方式，由于对软组织以及骨骼系统均有良好的成像效果，所以，主要用于检查脊柱脊髓神经以及周围软组织的病变。磁共振对于脊柱系统疾病的检查范围非常广泛，胸椎磁共振检查主要用于胸椎结核，胸椎的骨折脱位，胸椎段脊髓神经的病变以及损伤，胸椎及胸椎周围的良恶性肿瘤、转移瘤以及胸椎周围软组织、韧带的急慢性损伤等。
所有的矮小症都需要做核磁共振检查，垂体是分泌生长激素的地方，如果垂体发育不良或者外伤会导致生长激素分泌减少，而矮小症需要排除垂体的微腺瘤才能治疗。
除此之外，还需进行激素分泌检查，通常需要明确出现该病症的病因，并对症进行治疗。平时，家长需要注意保持宝宝营养摄入均衡，可适当运动，促进身体吸收，可以改善病症。
发生滑膜炎是，有些需要做有关磁共振检查，通常可依据患肢磁共振检查，对病人软骨受损害程度进行分析。
当病人发生滑膜炎时，应及时对其发病原因加以分析，例如，有些病人就是发生创伤而导致，发生半月板或前交叉韧带或后交叉韧带损伤，有时周围韧带受损，因而引起滑膜炎。根据病因分析，一般病人应做磁共振检查，以观察病人半月板损伤情况，交叉韧带损伤轻重，从而做到有的放矢。通常应跟随病人治疗病因，从而使病人滑膜炎终于可以得到治愈。
头颅核磁共振检查脑内的梗塞病灶、梗塞的位置。头颅磁共振能够显示头颅任意断面的解剖结构，对软组织的分辨率比较高，没有骨性的伪影，可以清楚显示脑干和后颅窝的病变。主要是用于诊断脑梗死、脑炎、脑肿瘤、颅脑先天发育畸形和颅脑外伤等。
脑萎缩属迟发性脑病，发病原因是原受累神经因缺血时间过久导致的神经支配区血供障碍而迟发性病理改变。早期症状很轻不显，有头晕，耳鸣，记忆力下降，行走步态轻微异常等症状。能否控制病情继续发展获得恢复，必须对病情资料进行分析才能议定出有效的治疗措施，否则本病易迟发更严重的神经萎缩等导致痴呆症和瘫痪。
核磁共振成像是一种利用核磁共振原理的最新医学影像新技术，对脑、甲状腺、肝、胆、脾、肾、胰、肾上腺、子宫、卵巢、前列腺等实质器官以及心脏和大血管有绝佳的诊断功能。与其他辅助检查手段相比，核磁共振具有成像参数多、扫描速度快、组织分辨率高和图像更清晰等优点。核磁共振检查时间一般在半小时左右。