出现肛周脓肿的之后，是需要及时的进行对症治疗的，早期可以进行保守治疗。注意适当的使用溶液进行浸泡坐浴，适当的使用抗生素控制感染，促进恢复，若是情况比较严重、出现化脓的，需要进行排脓手术治疗。
肛周脓肿治疗一定要选择到正规的医院接受治疗。由于多数肛周脓肿是需要手术切开引流的，要注意一些肛周脓肿的治疗禁忌。微创肛周脓肿手术是借助先进的探针配合双氧水灌注的方法，准确找到全部内口，有效避免漏诊、漏治。平常要吃含纤维素多的食品，尽量的少吃辛辣刺激性的食物。
大多数肛周脓肿起源于肛腺导管的阻塞伴细菌繁殖和脓肿形成，缺乏波动感时应延迟引流。治疗应包括脓肿的切开引流和防止切口假愈合而导致急性复发。切口宜适当，置管引流或挂线。肛瘘术前常用挂线控制局部感染。很多肛周脓肿在门诊容易治疗，但复杂性感染需在麻醉下检查以确保适当引流。
肛门脓肿的治疗方法，患有肛周脓肿的及时就医正规的三甲医院，及时行手术治疗，尽早解除病痛，术后配合输液，换药治疗，加速愈合。术后注意饮食清淡忌辛辣，不要熬夜，多休息。
肛周脓肿迁延不治会形成肛瘘，肛周脓肿一定要及时到进行检查，对症治疗。肛周脓肿反复发作感染势必会引起肛瘘等肛周疾病，任由肛瘘发展，可对括约肌造成严重损伤，甚至可能造成肛门失禁等并发症。肛周脓肿形成早期，可采用抗感染治疗（包括针对需氧菌及厌氧菌的抗生素、中药清热解毒、疏泻通宣，通便、热水坐浴、理疗、休息等）。脓肿形成时，即应手术引流。
