脑干出血后遗症多会表现为颅神经异常，眼球活动异常，眼球内收障碍、外展障碍，瞳孔可能也会出现异常，如果影响三叉神经脊束核，患者会出现改面部感觉异常，如果影响到面、舌神经核，可以出现面瘫，主要是中枢性面瘫，还有舌瘫伸舌偏向一侧。如果影响了双侧锥体束，患者会出现肢体无力、偏瘫。如果双侧受累就会出现四肢瘫。总之脑干的后遗症的临床表现，主要根据受损部位的不同而表现不同。
脑干出血一旦发生后，需要立即就医，并入住神经外科重症监护室。如果脑干出血量比较小，可以予以保守治疗。保守治疗主要包括动态监测患者生命体征、积极控制血压、动态复查头部CT，同时使用脱水降颅压药物、护胃药物及预防下肢深静脉血栓的药物等。
脑干出血5ml，如果在住院期间没有发生相关严重的并发症，比如再出血、肺部感染、下肢深静脉血栓等并发症，患者很有可能得到较好的康复，其存活时间可能达到5年，甚至10年以上。如果在住院期间发生再出血，或者严重的脑水肿及相关并发症，患者有可能会在3周之内发生死亡。
脑干出血会复发，因为脑干出血是由于高血压、脑动脉硬化而造成突然的血管的压力增高、破裂出血，所以高血压是脑干出血的最常见的病因。另外也可以见于动静脉畸形或动脉瘤，如果有高血压病、脑动脉硬化就必须长期控制好血压，改善动脉硬化，降脂、软化血管等一系列治疗方能避免脑干再次出血。
脑出血发生的常见原因与高血压并小动脉硬化，微动脉瘤或微血管瘤破裂等有关。高血压和动脉粥样是脑出血最常见的病因，多数高血压和动脉硬化同时并存。其他少见的原因如先天性脑血管畸形、先天性动脉瘤t血液疾病及脑动脉炎等。持续的高血压可使脑内小动脉硬化，发生脂肪玻璃样变，可形成微动脉病，另外因脑内动脉外膜不发达，且无外弹力层，中层肌细胞少，故管壁较薄。
脑溢血脑干出血是很严重的。肺部感染是脑干出血的主要并发症之一，也是导致死亡的主要原因之一。上消化道出血是脑血管疾病的严重并发症之一，即应激性溃疡，混合型上消化道出血和内侧囊内出血的脑干出血分别占49%和36%。潜在的机制是下丘脑和脑干病变。
