一般情况下，宝宝长期服用制霉菌素有副作用。
制霉菌素主要用于消化道念珠菌肠炎和口腔念珠菌感染，宝宝长期服用制霉菌素的副作用，常见有恶心、呕吐、腹泻等消化道症状，还可能引起过敏性皮疹，长期服用还可能导致宝宝出现低血钾、肾功能损害、肝功能损害等情况。一般不推荐5岁以下的孩子口服制霉菌素。对于有鹅口疮的患儿，使用剂量小、外用，所以可用于新生儿。
一般情况下，新生儿鹅口疮能用制霉菌素片。
新生儿和6个月以内的婴儿感染白色念珠菌后，会在唇、舌、颊、软腭与硬腭等黏膜处，出现凝乳状的斑点或雪白色的片状假膜。这是家长遵医嘱，将制霉菌素片研碎后、制成混悬液，每2-3小时涂抹黏膜病损处，抑制念珠菌的生长。新生儿患有鹅口疮，家长要注意日常护理，妈妈要避免吃辛辣、刺激的食物。
一般情况下，宝宝长口疮用以下药：
宝宝长口疮，表现为口腔粘膜散在乳酪或豆渣样白色覆盖物。主要是因为身体抵抗力差，或是长时间服用抗生素引起的。尤其是抗生素滥用不规范时。此外，奶具和餐具的不合理的杀菌也有可能引起。宝宝长口疮可以通过避免诱发因素而逐渐消失，可以选择2%的苏打水进行治疗，也可以选择用制霉菌素和鱼肝油混悬液进行治疗。
可以使用2%到5%的碳酸氢钠涂抹口腔，改变酸碱环境，来杀灭病菌，可以在医生指导下，使用制霉菌素涂抹口腔，并且用药要足量、够疗程，才能取得好的效果。注意消毒卫生，避免交叉感染等。
制霉菌素栓具有广谱的抗真菌的作用。一般对于念珠菌，隐球菌，组织胞浆菌，皮炎芽生菌，曲菌等都具有一定的抑制作用，尤其是其中的念珠菌。因此，制霉菌素栓可以用于治疗霉菌性阴道炎，对于外阴瘙痒，红肿疼痛，白带增多，甚至白带浓稠呈豆腐渣样，以及阴道充血等症状，都可以用来治疗。
婴儿患有口疮，通常认为口疮是由真菌感染引起的，更容易出现疼痛和不适等临床表现。当真菌感染发生时，需要进行抗真菌治疗。应选择清淡饮食作为主要饮食，不应食用油炸刺激的食物。症状严重，应及时在医院治疗，并在当地医生的指导下服药。
