三种治疗方法可以对付卵巢囊肿。传统手术，会带来一定创伤，囊肿容易破裂引起复发；腹腔镜手术，有较好疗效，手术费用不菲，但术中囊肿易剥破，导致盆腔黏连、化学性腹膜炎等；经阴道超声介入手术，微创诊疗技术，定位准确，不伤其他组织，复发率低，不影响生育。
巧克力囊肿的治疗方法一般会根据年龄，生育要求和包块的大小及性质来决定的，尽快去医院根据病情进行手术治疗，如果囊肿的尺寸比较小，可以药物活血化瘀治疗，如果囊肿的尺寸比较大，可以通过腹腔镜下进行手术处理。
复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。
巧克力囊肿简单处理方法可以采取药物的治疗或者是手术治疗，或是随访观察。在饮食上要避免吃含有雌性激素的食物，要杜绝性生活，要注意自身的保暖，避免感冒、受凉，同时还要去医院进行复查。
巧克力囊肿是子宫内膜异位引起的一种良性病变，是发生在卵巢上的隶属于子宫内膜异位症的一种。此病的特点是，手术复发率高。目前治疗相对比较好的是中医保守治疗。此病以继发性加重的痛经、不孕为主要表现特征。此病目前在妇科病症中的发病率占道了30%左右。
巧囊是由于子宫内膜异位症引起的，子宫内膜异位症的多是有比较严重的痛经的，如果是由于出血引起的盆腔内有明显的粘连，可鞥会引起继发性不孕症的，所以说应该进行系统的治疗。
