巧克力囊肿的复发率也是很高的，甚至更高。这主要是因为巧克力囊肿会造成囊肿壁与子宫组织发横粘连，手术很难将囊肿完整切除，在切除过程中多数会造成囊肿破裂，引起复发。吃药期间可以抑制囊肿不增长，但是巧克力囊肿的囊液根本不会因为吃药而消失。囊肿长大到一定程度由于囊内张力增高会导致自行破裂，可能由原来的一个囊肿发展成为两个甚至多个，由只是单侧囊肿发展变成双侧都有，所以要及早选择合理方法。
巧克力囊肿手术后的效果还是不错的，这种一般良性的较多，对身体影响不大的注意营养饮食，不要吃辛辣的食物。多吃蔬菜以及水果，不用刻意的饮食，注意定期复查就是可以的。
手术并不能完全去除所有病灶，有些微小的是看不到的，所以确实具有复发的风险，巧克力囊肿实质上是一种子宫内膜异位症，药物治疗效果欠佳，对于生育需求的病人还是首选有实力有经验的大医院微创手术治疗。
巧克力囊肿术后饮食护理应忌一切寒凉食品。行经前后，尤须注意进食过热的汤、菜，生冷食物均属禁忌。谷类、豆类、薯类作为主食，均可食用，无需避免，肥厚油腻，易于滞瘀，少食为好，巧克力囊肿术后饮食清淡疏利之品较为适宜，干果不忌，可随时食用。
巧克力囊肿属于比较常见的妇科病之一，积极治疗可以治好的，术后尽量选择流质类型的食物，当身体慢慢康复后再切换为普食，多选择豆制品、奶制品、维生素、微量元素的食物，并且尽量以清淡的饮食为主才能保证营养的补充。
行经前后，注意进食过热的汤、菜，生冷食物均属禁忌。谷类、豆类、薯类作为主食，均可食用，无需避免；肥厚油腻，易于滞瘀，少食为好；清淡疏利之品较为适宜；干果不忌，可随时食用；养生行血，核桃温阳，大枣、桂圆益气养血，更为适用；家禽家畜、蛋乳、鱼鲜一般均可食用，气血虚少者用以益气养血效果较好。田螺、蛤蚌、蟹、鳖偏凉食，宜少食。过于肥厚之肉品忌食。
