先天性软骨发育不良需要根据病变部位选择不同的治疗方法。如果头部发育不正常，要及时服用钙制剂和维生素D片。如果是胸骨部位的发育异常，这种现象是较为常见的，多会出现胸腔发育较小，胸椎向后凸等现象。还可能表现为手指粗大，下肢长短不一，逐渐出现四肢发育异常，应及时到专业康复机构进行牵引治疗，防止病症加重，影响身体健康。
先天性软骨发育不良应该通常可以采用以下方式进行治疗：
1.如果患者没有明显的临床表现，可以做屈伸运动抵抗电阻练习，主要是加强手指和脚部的肌肉功能，加强肌肉的强度和指脚趾的稳定。
2.如果病变局限，可以通过刮除移植来预防局部复发和恶性变，病变部位是长骨，恶性程度高，需要进行局部骨块或骨段的切除，以免出现恶性变化。
先天性喉软骨发育不良是一种自限性的疾病。治疗的轻重在很大程度上决定。以补钙为主，避免仰卧刺激及胃食管返流。对于严重的先天性喉软骨发育不全或无法自行愈合的儿童，应行外科手术。
一、一般治疗以补钙为主，避免仰卧刺激及胃食管返流。对于营养不良，生长缓慢，已知有胃食道返流的婴幼儿，可以使用含抑酸剂和高卡路里的食物。
二、对于先天性喉软骨发育不良的药物治疗，目前还没有药物治疗。
孩子基本上会在出生两个月左右出现喉软骨发育不良的现象，孩子会在吸气的时候出现呼吸困难的现象。喉鸣主要是指孩子由于喉部组织软，导致在吸气的时候周围的组织出现不平整的现象，所以，孩子刚开始的时候会出现喉鸣的现象。
先天性喉软骨发育不良主要表现是指哭闹有吸气性喘鸣，伴有呼吸困难，三凹征。轻症的宝宝没有症状，对发育和营养没有影响，主要是给宝宝补充钙，一般至2～3岁常能自己好。平时注意预防受凉及受惊，以免发生呼吸道感染和喉痉挛，加剧喉阻塞。如发作较重，吸气困难，可调整婴儿体位，取侧卧位可减轻症状，偶有严重喉阻塞者，需行气管切开术。
如果症状不严重，就不能治疗先天性甲状腺软骨发育不良。随着年龄的增长，甲状腺软骨逐渐发育，喉逐渐消失。如果症状严重，需要手术治疗。平时可以添加钙补充剂，可以促进儿童甲状腺软骨的发育，适当带孩子去户外活动。
