乙脑疫苗的不良反应之中就会有发烧的症状，属于正常的免疫反应如果不超过39度，使用物理降温的方法。可以用温水擦拭身体，但注意保暖，也可以使用毛巾包裹冰袋儿，放于腋下，腹股沟处。
接种乙脑疫苗几乎没有什么副反应，个别的孩子会出现两天以内的轻微的发热的症状，均在38℃以下。此外七岁以上的孩子儿童如果是需要加强接种的时候，接种的部位可能会出现红肿，偶尔也有血管性的水肿和过敏性的休克，发生在注射后的10-30分钟。
乙脑疫苗包括乙脑减毒活疫苗和乙脑灭活疫苗两种，两种疫苗的接种时间是有区别的。首先是乙脑灭活疫苗是国家规定基础免疫共注射两针，出生后满6个月的婴儿，开始接种第一针，7到10天后接种第二针，一岁半到两岁左右，以及四岁的时候，各加强一针，六岁的时候再加强一针。其次是乙脑减毒活疫苗是1岁的时候接种第一针，2岁时加强免疫一针，7岁时再加强免疫一针。
乙脑疫苗不良反应有发烧、头痛等。
接种乙脑疫苗后会出现发烧、头痛、头晕、乏力、寒战等全身症状，还有腹痛、腹泻、呕吐等胃肠道症状，一天之内就会自行消失。注射乙肝疫苗后可能会出现局部的不良反应，比如注射部位发红、肿胀、疼痛、皮温升高等，局部的副作用会持续几个小时。接种乙脑疫苗后，如果有副作用，应立即就医，如长期未缓解或加重，则应立即就医。
当然是灭活疫苗好，灭活疫苗是病毒失去活性的疫苗，没有任何传染性，接种安全，而减毒疫苗是经过人式培养，毒性减低的疫苗，有些人接种后会有发病的危险。两种疫苗的抗原性是相同的，产生的抗体也一样。
乙脑疫苗自费比乙脑疫苗免费多了如流感疫苗、水痘疫苗、肺炎疫苗。免费疫苗也叫一类疫苗。是国家通过财政补贴给宝宝接种的疫苗、基本上是国产疫苗、是监护人必须给宝宝接种的，接种费、疫苗费全部是免费的。自费疫苗也叫二类疫苗，是计划外疫苗、没有在国家免疫规范程序内所必须接种的疫苗、供自愿选择的一类疫苗，这类疫苗的接种费、疫苗费都由宝宝的监护人支付。
