如果患了单侧巧克力囊肿，可以选择在女性排卵期前后同房，可以增加怀孕的几率。患者应该去正规医院的妇产科检查，根据检查的结果对症治疗。平常应当注意休息，避免劳累过度，避免重体力劳动，可以多吃新鲜的蔬菜和应季的水果，忌食生冷辛辣刺激性的食物，少吃寒凉生冷的食物。保持轻松愉悦的心情，缓解压力，注意保证充分的休息和充足的睡眠。可以适当运动，提高身体的免疫力。
巧克力囊肿一般的很少会导致不孕的，只要孕激素和卵巢的排卵功能正常就可以自然的怀孕的意见建议但是子宫内膜异位症容易对怀孕产生不好的影响，另外会导致痛经以及月经的量的异常。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种。只要子宫内膜出现在子宫腔以外其他的部位都可以称之为子宫内膜异位症。子宫内膜异位症的常见症状就是一个不孕的问题，子宫内膜异位症和不孕是一个非常对立的问题，就是说子宫内膜异位症很容易导致不孕。如果妊娠，本身对子宫内膜异位症又是一个非常好的治疗，它非常对立。
巧囊一般指巧克力囊肿。而巧克力囊肿术后打针不来月经比较正常。
巧克力囊肿是因经血潴留形成的囊肿，可以通过手术进行治疗，比如卵巢囊肿剔除术、单孔腹腔镜下卵巢囊肿剥除术、卵巢切除术等，而在进行手术后，为了促进病情恢复，在临床上用达菲林再给予继续治疗，因为达菲林一般会使子宫内膜萎缩，而子宫内膜萎缩后不会再出现周期性的脱落，所以也不会来月经，所以巧克力囊肿术后打针不来月经比较正常。
巧囊也就是说是巧克力囊肿，如果囊肿比较大的话，不进行治疗的话，基本上是不会怀孕。如果超过5厘米的情况，需要手术。囊肿会引起育龄妇女不孕，且原因是多方面的，囊肿生长过快过大可影响卵巢的血运和排卵直接导致不孕。
巧囊手术以后怀孕几率的大小，要根据手术的情况来决定。如果做完手术以后没有出现粘连的情况，并且双侧卵巢恢复的也很好，双侧输卵管也没有粘连、堵塞，怀孕的几率还是比较大的。