通常来说，慢性肠炎肚子疼吃枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊、阿托品、山莨菪素等药。
慢性肠炎肚子疼可能是由于长期的炎症所致的肠神经受到了刺激导致的，可以口服枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊等调节肠道菌群的药物，还可以配合阿托品、山莨菪素等解痉镇痛类的药物。平时也要避免食用过多的生冷和辛辣的食品，避免对肠胃造成刺激，导致病情恶化。
用于长期反复拉肚子不好，超过一个月左右就是慢性肠炎。多见的就是伪膜性肠炎或者是过敏性肠炎。就是由于长期使用抗药物引起的。同时注意一下过敏原因导致的过敏性胃肠炎，关键是要找到过敏原，避免在次接触。
肚子微痛，老是想上厕所可能是直肠炎、大肠癌等疾病引起的。
1.直肠炎：建议患者在医生的指导下使用强力霉素、阿昔洛韦、硫糖铝、美沙拉嗪、咯哌叮胺、奥曲肽、硫酸镁、硫酸钠等药物进行治疗。
2.手术：早期可在内镜下行局部治疗或外科手术治疗，泄泻是术后常见且缠绵难愈的主要症状，患者多呈现脾胃虚弱或肠道湿热的表现，结合中医药治疗，可缓解术后泄泻，且有助于促进患者术后康复。
慢性肠炎是细菌，病毒，真菌或寄生虫引起的小肠和结肠的炎症。表现为腹痛，腹泻，稀水样便或粘液脓血便。小儿肠炎多因不洁东西所引起，故预防最要紧的是食物之清洁及保存安全。
过敏性结肠炎：若患儿对牛奶蛋白过敏，且为母乳喂养，则其母亲需忌食牛奶、鸡蛋、海鲜等，可补充钙粉、维生素D等；配方奶喂养导致的过敏性结肠炎，可选择低敏配方奶粉。不宜食用油炸、油腻、辛辣的食物，还可补充奶制的食物。
能否获得治疗主要取决于引起肠炎的病因。细菌性肠炎通常发病于夏秋季节，进食不洁食物以后引起肠道菌群紊乱，通过及时的补液、以及抗生素治疗调整肠道菌群，通常可以获得治疗，而对于结核性的结肠炎，需要正规的抗结核治疗。
