引起谷氨酰转肽酶偏低的因素是很多，就需要结合者肝功能检查、乙肝病毒DNA检查和B超检查等多种检查，才能够查出谷氨酰转肽酶偏低的原因。急性、慢性肝炎、肝硬化和其他由于肝脏疾病引起的综合性疾病、原发性或转移性肝癌发生，引起谷氨酰转肽酶偏低。肝外原因如胆管阻塞、心肌梗塞、急性胰腺炎、充血性心力衰竭或者服用某些药物引起谷氨酰转肽酶偏低。
由于谷氨酰转肽酶在肝内主要存在于肝内胆管上皮和肝细胞浆中，肝外胆管和肝内梗阻时，就会造成谷氨酰转肽酶排泄受阻，随胆汁返流入血，致使血清谷氨酰转肽酶异常，除了肝脏外，体内如肾、肺、睾丸、心、脑、肌肉也都含有谷氨酰转肽酶，因此当肾盂肾炎、大叶性肺炎、乙型脑炎、心肌炎、胆囊炎、血吸虫病等，都会造成谷氨酰转肽酶的异常。
考虑肝脏有损伤，肝脏具体损伤的原因有可能是喝酒或者脂肪肝导致的，同样要除外病毒性肝炎，有胆囊疾病或者消化道疾病的时候也可以出现转肽酶升高，但是谷丙转氨酶升高，考虑肝脏损伤，进一步检查暂时需要保肝药物治疗。
导致新生儿谷氨酰转肽酶偏高的原因多种多样。婴儿身体内有炎症或者是黄疸、肝脏问题都是主要的致病因素。大部分黄疸严重的新生儿在做检查的时候就会被发现谷氨酰转肽酶偏高。
谷酰转肽酶高不一定是肝癌。一般大量饮酒者可出现谷酰转肽酶的升高，有胆管疾病的病人，其谷酰转肽酶也会升高。肝癌病人除谷酰转肽酶升高外，甲胎蛋白也会升高，病人应通过超声、强化CT和增强核磁共振等影像学检查或肝脏组织活检等方式进行确诊。
