病变早期，小脑萎缩病人常出现头晕头痛，失眠多梦，腰膝酸软，手酸发麻，耳鸣耳聋；渐至反应迟钝，动作迟缓，喃喃自语，答非所问，记不住就近发生的事，易失落物品。
多系统萎缩晚期症状即小脑症状，锥体外系症状，自主神经症状，其中89%出现帕金森综合征，78%出现自主神经功能衰竭，50%出现小脑性共济失调，最常见的组合为帕金森综合征并自主神经功能衰竭，或小脑性共济失调并自主神经功能衰竭。此外，相当部分可有锥体束征，脑干损害(眼外肌瘫痪)，认知功能障碍等。
开始多为一侧肢体僵硬、少动，病情逐渐发展至对侧，导致动作缓慢、步态前冲、转变姿势困难、上肢固定、少摆动、讲话慢及语音低沉等，但震颤很轻或缺如，可有位置性震颤。可以使用物理疗法，因为这些疗法简单实用而常能控制症状，如在卧位时应使头和躯干比下肢高15°～20°，常穿紧身裤和弹力袜，每天倾斜台面运动。
帕金森综合征和小脑性共济失调都是多系统萎缩的分型，目前该病分为两种类型，多出现两大类表现，帕金森综合征与小脑性共济失调。不论以何种症状开始，当疾病进一步加重时都会出现多种症状，但是疾病开始时症状多以小便次数增多、夜间起夜小便频繁、便秘、男性性功能障碍等为主要症状。
早期识别多系统萎缩的症状并不是很显著，但会出现轻微的神经系统改变、记忆力、失眠、血压不稳定等症状。
这种病没有特效药，如果病人有血压变化，比如卧姿、坐姿、直立等，或者有认识上的盲区，那么一定要去医院进行全面的综合检查，从而作出正确的判断。如果不能确定，就需要仔细的检查，收集相关的数据，结合患者的临床表现，进行全面的检查，从而做出早期的判断。
多系统萎缩不会引起打嗝。多系统萎缩是一组多个神经系统损害的疾病，不适感强烈，生活较为痛苦。会出现自主神经功能障碍，包括体位性低血压、排便障碍、胸闷、心慌、便秘、肢体出汗异常等多种症状，引起较强的不适感。
